榧树基因组SSR分子标记开发

doi:10.16178/j.issn.0528-9017.20201145

浙江农业科学 ›› 2020, Vol. 61 ›› Issue (11): 2336-2337.DOI: 10.16178/j.issn.0528-9017.20201145

榧树基因组SSR分子标记开发

焦云(), 邬玉芬, 舒巧云

宁波市农业科学研究院林业研究所,浙江宁波 315040

收稿日期:2020-09-23 出版日期:2020-11-11 发布日期:2020-11-11
作者简介:焦云(1983—),男,河北石家庄人,副研究员,博士,从事果树分子遗传育种与栽培技术研究工作,E-mail: jydyx@163.com。
基金资助:
浙江省余姚市农业与社发项目“香榧授粉树配置及人工授粉关键技术研究与示范”(20191YYS030014)

Received:2020-09-23 Online:2020-11-11 Published:2020-11-11

摘要/Abstract

摘要：

基于榧树(Torreya grandis)基因组DNA测序数据开发SSR分子标记,利用MISA和Primer 3.0脚本设计SSR引物,从中选择合成20对SSR引物并在10个榧树品种中进行多态性扩增,其中6对引物成功扩增并鉴定到多态性,各个位点的等位基因数量介于4~9个之间,平均等位基因数约为6个,多态信息含量PIC平均值为1.779 2。本研究开发的SSR引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建提供依据。

关键词: 榧树, 基因组, SSR, 标记开发

中图分类号:

Q789

焦云, 邬玉芬, 舒巧云. 榧树基因组SSR分子标记开发[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(11): 2336-2337.

图/表 2

参考文献 9

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引物名称	引物序列	扩增片段大小/bp	扩增片段数量	Ne	I
XF86471	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGTTGCATCTCATAGAGTC R:TGTGTATCATCCCTTGGCTATT	178~192	6	3.636 4	1.844 4
XF111910	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGAGGAGGAGCAGGAGGAAGAA R:TGGCATCATAATAGCAGTGTCA	156~178	6	3.278 7	1.469 5
XF376	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGGAAGGAACGAAGGAAGAT R:CTCGCATTTAAAGAGGAAACAT	130~166	5	5.000 0	1.752 4
XF4032	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGTCTAGGCGCTCTCCAATAT R:ACTCCGACGGCCTCCACTATAG	189~219	4	5.000 0	1.679 6
XF2096	F:TGTAAAACGACGGCCAGTACCATACCAACCACACCATAGT R:GGCCCAGATACCCTTCCAGATA	130~228	9	7.142 9	2.068 5
XF937123	F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGATTTCTCAGTGGCATATCCC R:ACTGCCACAACTAGCCAAAGT	189~219	5	4.651 2	1.860 5

引物名称	引物序列	扩增片段大小/bp	扩增片段数量	Ne	I
XF86471	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGGTTGCATCTCATAGAGTC R:TGTGTATCATCCCTTGGCTATT	178~192	6	3.636 4	1.844 4
XF111910	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGAGGAGGAGCAGGAGGAAGAA R:TGGCATCATAATAGCAGTGTCA	156~178	6	3.278 7	1.469 5
XF376	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCAGGGAAGGAACGAAGGAAGAT R:CTCGCATTTAAAGAGGAAACAT	130~166	5	5.000 0	1.752 4
XF4032	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGAGTCTAGGCGCTCTCCAATAT R:ACTCCGACGGCCTCCACTATAG	189~219	4	5.000 0	1.679 6
XF2096	F:TGTAAAACGACGGCCAGTACCATACCAACCACACCATAGT R:GGCCCAGATACCCTTCCAGATA	130~228	9	7.142 9	2.068 5
XF937123	F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGATTTCTCAGTGGCATATCCC R:ACTGCCACAACTAGCCAAAGT	189~219	5	4.651 2	1.860 5

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