南瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

引用本文

王迎儿, 邢乃林, 应泉盛, 张慧波, 黄芸萍, 王毓洪. 南瓜种质资源遗传多样性的SSR分析[J]. 浙江农业科学, 2017,(7):1161-1165 165 复制到剪切板

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南瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

王迎儿¹, 邢乃林¹, 应泉盛¹, 张慧波^1,², 黄芸萍¹, 王毓洪^1,^*

1.宁波市农业科学研究院蔬菜研究所,浙江宁波 315040

2.浙江农林大学农业与食品科学学院,浙江杭州 311300

通讯作者：王毓洪,E-mail:yhwangsc@163.com。

作者简介:王迎儿(1985—),女,浙江宁波人,农艺师,硕士,从事瓜类砧木育种工作,E-mail:wangyinger0601@sina.com。

基金项目: 宁波市科技富民惠民项目(2015C10053); 国家西甜瓜产业技术体系(CARS-26); 宁波市瓜菜育种重点实验室(2014A22007)

摘要

以主要来源于浙江省的41份南瓜种质资源为材料,利用26对南瓜SSR标记对其进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明,41份种质被分为4类,2类为白籽南瓜(各1份),1类中国南瓜(35份),1类印度南瓜(4份)。材料间的遗传相似系数介于0.45~0.96,平均为0.79。其中,中国南瓜类群种内平均相似系数为0.86,印度南瓜类群种内平均相似系数为0.67,这2个类群间的平均相似系数为0.54。所收集的浙江省种质资源除其中2份外,均被分类为中国南瓜,平均遗传相似系数为0.87。中国南瓜的亲缘关系较印度南瓜近,种内亲缘关系较种间近。研究结果对浙江省南瓜种质资源保护和开发利用具有重要意义。

关键词: 南瓜; 种质资源; SSR; 聚类分析; 遗传相似性

中图分类号:S642.1 文献标志码:A 文章编号:0528-9017(2017)07-1161-05 doi: 10.16178/j.issn.0528-9017.20170721

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南瓜(Cucurbita L.)为1年生草本植物, 属于葫芦科南瓜属, 在世界范围内广泛栽培。栽培种主要分为5类, 包括美洲南瓜(Cucurbita pepo)、中国南瓜(C. moschata)、印度南瓜(C. maxima)、黑籽南瓜(C. ficifolia)和灰籽南瓜(C. mixta), 用途广泛, 营养丰富, 变种繁多^{[1, 2]}。南瓜起源于美洲大陆, 明代由东南亚、朝鲜和日本等地传入我国, 距今近500多年的历史^[3]。传入中国后, 由浙江、福建等东南沿海地区向内地扩展, 在多年栽培扩展过程中产生了丰富的表型及遗传变异。对育种工作者而言, 种质资源是品种培育的基础, 而种质资源的收集及评价分析则是种质资源利用的必需过程, 可为杂交育种中亲本选配提供依据, 有利于优良品种的选育。地方种质资源在地区气候环境适应性方面具有一定优势, 具有丰富的生物及非生物胁迫抗性遗传资源, 适宜用作地方品种的选育基础^[4]。因此, 开发利用地方种质资源已成为育种的重要发展方向, 对品种选育具有重要意义。

遗传多样性是种质资源评价的重要指标, 主要包括表型水平和分子水平2个方面。通过SSR等分子标记在分子水平对种质资源进行多样性评价, 相对表型水平受环境影响较小, 重复性及稳定性较高, 因此, 在分子水平对种质资源遗传多样性进行评价, 可靠性更高^{[5, 6]}。目前, 国内外学者为了从分子水平研究南瓜种质资源的遗传多样性, 已经利用过氧化物同工酶^[7]、RAPD^{[8, 9, 10, 11, 12, 13, 14]}、AFLP^[15]、SSR^{[16, 17, 18]}、EST-SSR^[19]、SRAP^[20]、ISSR^{[13, 14, 21]}等分子标记对国内外种质资源进行栽培种内及栽培种间的遗传多样性进行分析。但是作为南瓜在国内传播的重要节点, 浙江相关的地方种质资源少有涉及。本研究以浙江省为主的41份南瓜种质资源为研究材料, 利用SSR分子标记对其进行遗传多样性分析, 旨在为南瓜种质资源保护及新品种选育提供参考。

1 材料与方法

1.1 材料

供试材料共41份(表1)。分别为中国南瓜、印度南瓜、中国南瓜与印度南瓜杂交材料, 主要来源于浙江省内的农家留种, 少量为其他国家和地区引进的材料。

表1 种质资源编号及类别

1.2 处理设计

材料于2016年秋季种植于宁波市农业科学研究院宁波市高新农业技术实验园区设施大棚内, 每份材料定植15株。开花期对每份材料随机选取4株取幼嫩叶片, 混合后进行基因组DNA提取。DNA提取方法参照文献^[22]。利用超微量分光光度计检测DNA质量及浓度, 稀释至20 ng· μ L^-1后进行PCR扩增。

SSR引物序列参考文献^[23], 本研究选取其中扩增条带清晰、稳定、多态性高的50对引物进行分析, 引物由上海英潍捷基生物公司合成, 引物序列见表2。PCR扩增体系10 μ L:DNA(20 ng· μ L^-1)2 μ L, 10× PCR buffer 1 μ L, 25 mmol· L^-1 MgCl₂ 0.8 μ L, 10 mmol· L^-1 dNTP 0.16 μ L, 10 mmol· L^-1 Primer 1 μ L, Taq酶(全式金)0.1 μ L, dd H₂O 4.94 μ L。PCR程序:94 ℃ 4 min; 94 ℃ 45 s, 65 ℃ 30 s(每循环降0.7 ℃), 72 ℃ 1 min, 10个循环; 94 ℃ 45 s, 56 ℃ 30 s, 72 ℃ 1 min, 25个循环; 72 ℃ 10 min, 25 ℃ 10 min。扩增产物用0.6%变性聚丙烯酰胺凝胶进行电泳检测, 常规硝酸银染色法银染。

1.3 数据分析

为了后续SSR分析, 对每个多态性位点, 出现及缺失的PCR扩增带纹分别赋值为1和0。通过NTSYSpc 2.10e软件进行数据分析, 获得材料间的遗传相似性及遗传距离, 并进一步绘制树状聚类图。

2 结果与分析

2.1 SSR引物的筛选

利用50对SSR引物对收集的41份南瓜种质材料进行分析, 结果(表2)显示, 26对引物具有多态性, 多态性条带141条, 平均5.42条。扩增多态性条带最多的为标记S198, 共有17条, 最少的为S125, 只有1条。多态性信息含量平均0.58, S198的多态性信息含量最高, 为0.91, S312的多态性信息含量最低, 为0.32。图1为SSR引物S264对41份南瓜种质材料的扩增电泳图谱。

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	图1 41份材料SSR引物S264的扩增结果

2.2 41份南瓜材料的遗传相似性分析

基于SSR数据, 通过NTSYSpc 2.10e统计41份南瓜资源的遗传相似系数。材料间的遗传相似系数为0.45~0.96, 平均为0.79。其中51与52、79与84之间的遗传相似系数最大, 为0.96, 表明这2对种质资源之间的亲缘关系最近。73与85之间的遗传相似系数最小, 为0.45, 表明这2份种质资源间的亲缘关系最远。

2.3 41份南瓜材料的聚类分析

利用26对SSR引物得出的电泳谱带数据进行聚类分析, 得到聚类树状图(图2)。

表2 26对SSR引物序列及扩增结果

	Figure Option View Download New Window
	图2 基于SSR分析的41份南瓜种质材料的聚类结果

由图2可知, 在阈值为0.13时, 41份南瓜种质资源划分为4个类群。第Ⅰ 类群包括1份材料, 编号47, 为白籽南瓜; 第Ⅱ 类群包括4份材料(编号72、73、89、90), 为印度南瓜; 第Ⅲ 类群包括35份材料, 为中国南瓜; 第Ⅳ 类群包括1份材料87, 为白籽南瓜。

第Ⅰ 类群与第Ⅱ 类群的平均相似系数为0.61, 编号47与90的相似系数达0.69, 编号47与89的相似系数为0.55。第Ⅰ 类群与第Ⅲ 类群的平均相似系数为0.70, 编号47与48的相似系数达0.77, 编号47与83、91的相似系数为0.64。第Ⅰ 类群与第Ⅳ 类群的平均遗传相似性为0.55。第Ⅱ 类群与第Ⅲ 类群的平均相似系数为0.54, 编号51与90的相似系数达0.65, 编号73与85的相似系数为0.45。第Ⅱ 类群与第Ⅳ 类群的平均相似系数为0.51, 编号87与72的相似系数达0.53, 编号87与90的相似系数为0.49。第Ⅲ 类群与第Ⅳ 类群的平均相似系数为0.62, 编号87与59的相似系数达0.68, 编号87与53的相似系数为0.58。第Ⅱ 类群中, 编号72与73的遗传相似性最大为0.82, 90与72、73的遗传相似性最小为0.62, 平均为0.67。第Ⅲ 类群的平均遗传相似性为0.86, 编号79与84、51与52的遗传相似性最大为0.96, 编号63与91的遗传相似性最小为0.73。47和87这2份白籽南瓜与印度南瓜的平均遗传相似性为0.56, 与中国南瓜的平均遗传相似性为0.66。2份白籽南瓜与印度南瓜类群的遗传相似性较中国南瓜类群低, 表明所收集的2份杂交材料的中国南瓜背景较大。中国南瓜类群内遗传相似性显著高于印度南瓜类群。除了编号87与印度南瓜类群外, 印度南瓜和中国南瓜类群间的遗传相似性最低, 亲缘关系最远。中国南瓜类群内的遗传相似性最高, 内部亲缘关系最远的为0.73, 最高达到0.96; 其中, 浙江省的中国南瓜材料平均相似系数为0.87, 编号79与84、51与52的相似系数最大, 均为0.96; 63与91的相似系数最小, 为0.73。

3 讨论

南瓜自明代传入我国浙江和福建以来, 迅速北上南下, 成为解决人民温饱的重要农作物^[24]。因此, 收集并研究浙江地区南瓜种质资源情况对了解我国南瓜的推广及种质资源利用和培育具有重要作用。本研究中, 浙江地区收集的种质资源主要为中国南瓜, 平均遗传相似系数为0.87, 多个地区总体亲缘关系较近, 遗传多样性不够丰富。这或许与南瓜引入我国时间较短, 自然及人为选择压力不大有关。因此, 为选育优良品种, 仍需创造或引进变异更丰富的种质资源。

SSR分子标记因其重复性高、基因组分布及数量丰富等优势而在种质资源评价、遗传进化、分子育种等方面而被广泛应用^[25]。但是在南瓜种质资源评价中的应用还较少^{[16, 17, 18]}。最近, 超过500对南瓜SSR分子标记被公布^[23]。本研究从中随机选择50对SSR分子标记对41份南瓜种质资源进行遗传多样性分析, 结果有26对分子标记具有多样性。这26对标记平均扩增多态性条带5.42条, 高于已知的4.18、2.4以及2.29^{[16, 17, 18]}, 这可能与所选择的分子标记位点受自然及人工选择压力较小有关。

本研究所用材料有印度南瓜、中国南瓜及白籽南瓜3类, 其中2份白籽南瓜因为亲缘关系较远而被分在2个类群。总体上, 种间亲缘关系较种内远, 中国南瓜种内亲缘关系较印度南瓜近。这与已发表的利用SSR、ISSR、SRAP等分子标记分析结果一致^{[16, 26, 27]}。但与利用同工酶对南瓜亲缘关系研究结果不一致, 这可能与材料及标记的选择有关^[7]。

目前蔬菜种子市场混乱, 具有同名异物和同物异名现象。另外, 由于农家留种大多无名称或名称不清楚, 极易造成种质资源重复收集及收集遗漏。本研究中51与52、79与84间的遗传相似性高达0.96, 疑为同一材料短时间内分离而来, 已发表研究也有类似结果^[27]。75与76这两份来自浙江舟山的材料虽然具有同一名字, 但材料间遗传相似性为0.88, 表明材料间具有一定程度的差异, 对密本南瓜的研究中也发现类似现象^[26]。本研究中编号47的材料, 因为可自交结实收种, 通过外观初步归为印度南瓜; 但该材料为印度南瓜与中国南瓜的杂交材料, 虽然可自交收种, 但种子量较少, 结合田间植株详细表现, 最终认为该材料为种间杂交材料。

本研究利用SSR标记对收集的南瓜种质资源进行遗传多样性分析, 进一步分析了中国南瓜、印度南瓜及白籽南瓜3个栽培种的遗传多样性, 构建了聚类图谱。虽然本研究中印度南瓜及白籽南瓜材料较少, 但仍可以为南瓜亲本选配和品种选育提供参考。

The authors have declared that no competing interests exist.

参考文献:

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[1]	魏瑛, 董秀珍. 南瓜特性与种类述略[J]. 北方园艺, 1997 (6): 17-19. [本文引用:1]
[2]	王鸣. 南瓜属: 多样性(diversity)之最[J]. 中国瓜菜, 2002 (3): 42-45. [本文引用:1]
[3]	张箭. 南瓜发展传播史初探[J]. 烟台大学学报(哲学社会科学版), 2010, 23(1): 100-108. [本文引用:1]
[4]	吴元奇, 郑灵, 荣廷昭. 西南地区白玉米地方种质资源分布及遗传多样性[J]. 草业学报, 2013, 22(4): 160-169. [本文引用:1]
[5]	CARPUTO D, ALIOTO D, AVERSANO R, et al. Genetic diversity among potato species as revealed by phenotypic resistances and SSR markers[J]. Plant Genetic Resources, 2013, 11(2): 131-139. [本文引用:1]
[6]	FRANCESCO E, SILVIA L, LUKASZ G, et al. Genetic diversity and population structure assessed by SSR and SNP markers in a large germplasm collection of grape[J]. BMC Plant Biology, 2013, 13(1): 39. [本文引用:1]
[7]	孙正海, 李跃建, 宋明, 等. 南瓜属三个种种质的遗传多样性[J]. 西南农业学报, 2004, 17(1): 71-73. [本文引用:2]
[8]	刘小俊, 李跃建, 赵云, 等. 中国部分栽培南瓜种质资源遗传多态性RAPD分析[J]. 西南农业学报, 2004, 17(5): 567-571. [本文引用:1]
[9]	李俊丽, 向长萍, 张宏荣, 等. 南瓜种质资源遗传多样性的RAPD分析[J]. 园艺学报, 2005, 32(5): 834-839. [本文引用:1]
[10]	蔡宝炎. 32份中国南瓜种质资源的遗传多样性研究[D]. 武汉: 华中农业大学, 2006. [本文引用:1]
[11]	李海英, 赵晓萌, 赵福宽, 等. 适于南瓜遗传多样性分析的RAPD引物筛选[J]. 北方园艺, 2006 (1): 20-22. [本文引用:1]
[12]	褚盼盼, 向长萍, 张称心, 等. 中国南瓜种质资源农艺性状与RAPD标记分析[J]. 核农学报, 2007, 21(5): 441-446. [本文引用:1]
[13]	肖祖梅. 观赏南瓜种质资源遗传多样性的RAPD和ISSR分析[D]. 重庆: 西南大学, 2008. [本文引用:2]
[14]	杨正安, 孟平红, 代贤, 等. 云南黑籽南瓜种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析[J]. 植物遗传资源学报, 2011, 12(6): 860-864. [本文引用:2]
[15]	张天明. 南瓜种质资源多样性及亲缘关系的AFLP分析[D]. 北京: 中国农业科学院, 2005. [本文引用:1]
[16]	LIU C, GE Y, WANG D J, et al. Morphological and molecular diversity in a germplasm collection of seed pumpkin[J]. Scientia Horticulturae, 2013, 154(2): 8-16. [本文引用:4]
[17]	KONG Q, CHEN J, LIU Y, et al. Genetic diversity of Cucurbita, rootstock germplasm as assessed using simple sequence repeat markers[J]. Scientia Horticulturae, 2014, 175(1): 150-155. [本文引用:3]
[18]	李鹤, 郭世荣, 束胜, 等. 砧用南瓜种质资源形态学性状与SSR标记分析[J]. 园艺学报, 2014, 41(7): 1379-1390. [本文引用:3]
[19]	MAO W, XU Y, XU S, et al. Development of 19 transferable Cucurbita pepo EST-SSR markers for the study of population structure and genetic diversity in pumpkin (Cucurbita moschata)[J]. Plant Omics, 2014, 7(5): 345-352. [本文引用:1]
[20]	刘小俊, 李跃建, 梁根云, 等. 南瓜资源遗传多样性的SRAP分析[J]. 四川大学学报(自然科学版), 2010, 47(5): 1195-1200. [本文引用:1]
[21]	汤青林, 宋明, 肖祖梅, 等. 观赏南瓜及葫芦种质资源遗传多样性分子评价[J]. 植物遗传资源学报, 2012, 13(3): 406-413. [本文引用:1]
[22]	MURRAY M G, THOMPSON W F. Rapid isolation of high molecular weight plant DNA[J]. Nucleic Acids Research, 1980, 8(19): 4321. [本文引用:1]
[23]	KOFLER R. Microsatellites for the genus Cucurbita and an SSR-based genetic linkage map of Cucurbita pepo L. [J]. Theoretical and Applied Genetics, 2008, 117(1): 37-48. [本文引用:2]
[24]	李昕升, 王思明. 南瓜在中国的引种推广及其影响[J]. 中国历史地理论丛, 2014, 29(4): 81-92. [本文引用:1]
[25]	ZHANG P Z, DREISIGACKER S A E, REIF J C, et al. Quantifying novel sequence variation and selective advantage in synthetic hexaploid wheats and their backcross-derived lines using SSR markers[J]. Molecular Breeding, 2005, 15(1): 1-10. [本文引用:1]
[26]	卢丽芳, 朱海生, 温庆放, 等. 南瓜种质资源遗传多样性的SRAP分析[J]. 热带作物学报, 2015, 36(12): 2142-2148. [本文引用:2]
[27]	朱海生, 卢丽芳, 陈敏氡, 等. 南瓜种质资源遗传多态性的ISSR分析[J]. 分子植物育种, 2015, 13(6): 1302-1308. [本文引用:2]

1997

0.0

魏瑛, 董秀珍. 南瓜特性与种类述略[J]. 北方园艺, 1997 (6): 17-19.

... mixta),用途广泛,营养丰富,变种繁多^[1,2] ...

2002

0.0

王鸣. 南瓜属: 多样性(diversity)之最[J]. 中国瓜菜, 2002 (3): 42-45.

本文涉猎大量资料,从物种的多样性、遗传多样性和用途的多样性等层面,阐述了在植物分类学上与南瓜属(Genus Cucurbita)所包含的丰富多样的物种,在遗传性状方面的丰富多彩,以及极为广泛多样的食用、加工方式和宝贵的医疗保健价值.认为在蔬菜、瓜类植物中,其多样性之表现是罕见的.

... mixta),用途广泛,营养丰富,变种繁多^[1,2] ...

2010

0.0

张箭. 南瓜发展传播史初探[J]. 烟台大学学报(哲学社会科学版), 2010, 23(1): 100-108.

... 南瓜起源于美洲大陆,明代由东南亚、朝鲜和日本等地传入我国,距今近500多年的历史^[3] ...

2013

0.0

吴元奇, 郑灵, 荣廷昭. 西南地区白玉米地方种质资源分布及遗传多样性[J]. 草业学报, 2013, 22(4): 160-169.

通过表型性状结合的主成分分析，ＳＳＲ标记分析和群体结构分析，对５０个西南地区白玉米地方品种的种质资源分布及遗传多样性进行了研究。结果表明，白玉米地方品种农艺性状表现出很大差异，主成分聚类将其分为７个类群，大部分品种聚在一个群内，但也有少数品种单独成类；利用筛选出来的５１对扩增条带清晰，具有明显多态性的ＳＳＲ引物，共检测到５１５个多态性位点，ＳＳＲ位点的平均多态性位点数为１０．１个，每个位点的等位基因数为５～１９个，平均为１２个，多态信息量（ＰＩＣ）分布范围为０．７６４～０．９５８，平均为０．８８５，遗传相似系数变幅在０．５７４～０．８４０，平均为０．６８４，标记索引指数（ＭＩ）分布范围为３．８２０～１８．２０８，平均值为９．７７５。ＳＳＲ分析将所选品种分为８类，且８４％的组合集中在前三大类。从地方品种来源地分析来看，地理位置相似或接近的地方品种大多两两成类，遗传相似系数很高，而群体结构分析显示，白玉米地方品种的群体结构受其地理环境气候的影响。少数地方品种较独立，可以进一步从种质资源方面研究利用。

... 地方种质资源在地区气候环境适应性方面具有一定优势,具有丰富的生物及非生物胁迫抗性遗传资源,适宜用作地方品种的选育基础^[4] ...

2013

0.0

... 通过SSR等分子标记在分子水平对种质资源进行多样性评价,相对表型水平受环境影响较小,重复性及稳定性较高,因此,在分子水平对种质资源遗传多样性进行评价,可靠性更高^[5,6] ...

2013

0.0

2004

0.0

孙正海, 李跃建, 宋明, 等. 南瓜属三个种种质的遗传多样性[J]. 西南农业学报, 2004, 17(1): 71-73.

用聚丙烯酰胺凝胶电泳对南瓜属三个栽培种(即中国南瓜、美洲南瓜和印度南瓜)的41个品种的子叶进行了过氧化物酶同工酶分析.结果表明:南瓜属的遗传多样性非常丰富,共产生了10条酶带;其中,中国南瓜品种间差异最大,印度南瓜品种间差异最小.聚类之后发现:中国南瓜和美洲南瓜关系最近,与印度南瓜关系较远,但不能把所有的中国南瓜和美洲南瓜品种聚在各自的群落.

... 目前,国内外学者为了从分子水平研究南瓜种质资源的遗传多样性,已经利用过氧化物同工酶^[7]、RAPD^{[8,9,10,11,12,13,14]}、AFLP^[15]、SSR^[16,17,18]、EST-SSR^[19]、SRAP^[20]、ISSR^{[13,14, 21]}等分子标记对国内外种质资源进行栽培种内及栽培种间的遗传多样性进行分析 ...

... 但与利用同工酶对南瓜亲缘关系研究结果不一致,这可能与材料及标记的选择有关^[7] ...

2004

0.0

刘小俊, 李跃建, 赵云, 等. 中国部分栽培南瓜种质资源遗传多态性RAPD分析[J]. 西南农业学报, 2004, 17(5): 567-571.

从120个10-mers随机引物中筛选出9个具有特异多态性引物对我国部分地区收集到的一些栽培南瓜种质资源遗传多态性的RAPD (Random amplified polymorphic DNA)分析.结果表明,在检测到的60条带中,有59条具有多态性,平均每个引物检测到的条带数多达6.56条;中国栽培南瓜资源在DNA水平上具有丰富的遗传多样性.UPGMA 树形图显示,除N23外,可将30份材料归为中国南瓜种、印度南瓜种及美洲南瓜种3类,与传统分类学的结果相符.

2005

0.0

李俊丽, 向长萍, 张宏荣, 等. 南瓜种质资源遗传多样性的RAPD分析[J]. 园艺学报, 2005, 32(5): 834-839.

In this study, the genetic diversity among 70 accessions in cucurbita was analyzed by using RAPD marker and the genetic relationship among the accessionswas revealed by cluster analysis and principal coordinate analysis respectively. 21 polymorphic p rimers, screened out of 100 random p rimers, were used and produced 168 rep roducible bands. Of them, 157 bands (93.5% ) were polymorphic. The cluster analysis divided the germplasm used in this study into 3 groups: Cururbita moschata , C. pepo , and C. maxima , which was in agreement with the traditional taxonomy on Cucurbita. Moreover, Cururbita moschata was divided further into 3 subgroups, C. pepo into 6 subgroups, and C. maxima . into 5 subgroups respectively by cluster analysis. The clusterswere greatly associated with the origins and the morphologic characters of the tested germplasm. The results obtained by the principal coordinate analysis were consistent with those of cluster analysis. However, cluster analysis could supply more abundant informations than principal coordinate analysis on revealing the relationship among the closely related accessions.

应用RAPD技术对70份南瓜种质进行遗传多样性分析, 从100条随机引物中筛选出21条引物, 共扩增出168条带, 其中157条为多态带, 比率为93.5%。系统聚类分析将70份南瓜种质分为3大类: 中国南瓜、美洲南瓜、印度南瓜, 与传统分类学的结果相符。同时在3大类群内又将种质进行细分,第1类分为3组, 第2类分为6组, 第3类分为5组, 其结果与地域来源和形态特征有一定的相关性。主成分分析与系统聚类分析结果基本一致, 但系统聚类分析在揭示密切相关的个体间的关系上能提供更丰富的信息。

2006

0.0

蔡宝炎. 32份中国南瓜种质资源的遗传多样性研究[D]. 武汉: 华中农业大学, 2006.

南瓜（Cucurbita spp）是一种重要的园艺植物，中国南瓜（Cucurbita moschata）类的育种，已形成了丰富品种资源。对中国南瓜种质资源的遗传多样性研究，有利于其种质资源的收集、保存、鉴定、创新和合理利用。分子标记能直接从DNA水平反映种质之间的遗传差异，是研究植物遗传多样性的有效工具。本研究采用了形态学标记和RAPD标记相结合，运用谱系聚类分析、主成分分析，主坐标分析对32份中国南瓜种质的遗传多样性进行了研究。主要结果如下： 1.南瓜形态学性状观察标准，对形态学性状的遗传多样性参数统计结果显示，有50个性状的变异系数较大（8.43％～101.22％），表... 展开南瓜（Cucurbita spp）是一种重要的园艺植物，中国南瓜（Cucurbita moschata）类的育种，已形成了丰富品种资源。对中国南瓜种质资源的遗传多样性研究，有利于其种质资源的收集、保存、鉴定、创新和合理利用。分子标记能直接从DNA水平反映种质之间的遗传差异，是研究植物遗传多样性的有效工具。本研究采用了形态学标记和RAPD标记相结合，运用谱系聚类分析、主成分分析，主坐标分析对32份中国南瓜种质的遗传多样性进行了研究。主要结果如下： 1.南瓜形态学性状观察标准，对形态学性状的遗传多样性参数统计结果显示，有50个性状的变异系数较大（8.43％～101.22％），表现了丰富的多样性。其中突出的是茎刺毛，嫩瓜和老瓜的皮色、斑纹形状、斑纹颜色，商品嫩瓜纵径，嫩瓜横切面形状，老瓜单瓜重等性状（35％～60％）。变异系数最大的是瓜形的性状（101.22％）。 2.从形态学性状的主成分分析得到，前3个主分量的累计方差贡献率达79.70％。第一主分量方差贡献率68.53％，其所包括的性状的特征值差异较小，概括了茎、叶、花、果、种子各类性状，说明了各种性状都表现出了丰富的形态学多样性。 3.形态学性状聚类中，32份材料在相似系数0.29处依据在分枝性，主茎色，茎刺毛，叶色，叶缘，叶面茸毛，叶面白斑，瓜形等性状可分为2个类群。其中材料Ⅱ 5Bb 159，Ⅱ 5Bb 233的相似系数最大，为0.70。其中第一类群中Ⅱ 5Bb 188，Ⅱ5Bb 189，Ⅱ 5Bb 222，Ⅱ 5Bb 201，Ⅱ 5Bb 206聚得较近；第2类群Ⅱ 5Bb 200，Ⅱ 5Bb207，Ⅱ 5Bb 230，Ⅱ 5Bb 208聚得较近。因其各种性状均相似之处。 4.100条随机引物中筛选出12条引物用于RAPD标记分析，在扩增出的112条带中，多态性带有79条，多态带比率为70.5％。RAPD分析供试材料在相似系数0.53处可划分为2个类群。其中瓜形为长圆筒形，长梨形和梨形的各聚在一块。 5.综合两种标记系统的分析结果可知，虽然均来自中国南瓜，但种内相关系数差异大，表现了丰富的多样性。并且形态学性状聚类与RAPD聚类不太一致。收起

2006

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李海英, 赵晓萌, 赵福宽, 等. 适于南瓜遗传多样性分析的RAPD引物筛选[J]. 北方园艺, 2006 (1): 20-22.

采用CTAB法提取南瓜DNA基因组,优化的RAPD反应体系,对RAPD随机引物进行了筛选,从260条引物中筛选出多态性好、稳定性高的引物26条作为南瓜RAPD分析引物,为进一步进行南瓜遗传多样性分析提供依据.

2007

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褚盼盼, 向长萍, 张称心, 等. 中国南瓜种质资源农艺性状与RAPD标记分析[J]. 核农学报, 2007, 21(5): 441-446.

In this study,70 genotypes of Cucurbita moschata collected from different agro-ecological zones of China were analyzed for genetic diversity,based on the morphological and RAPD markers.Coefficient of variation(CV) based on agronomic traits ranged from 6.60% to 262.22% with the average of 37.50%.21 primers were screened from 150 arbitrary primers,and a total of 167 DNA bands were amplified,130(73.23%)of which were polymorphic.The number of bands per primer was 8,and the average of Shannon's information index was 0.268.The cluster analysis divided the germplasm into 7 groups based on agronomic traits,and 5 groups based on RAPD markers respectively.The RAPD clusters were greatly associated with the morphologic characters but couldn't divided the germplasm by origins.

本研究利用形态学标记和RAPD分子标记同时对70份来自我国不同地区的中国南瓜种质进行遗传多样性和亲缘关系分析。在所观察的56个有差异的农艺性状中,变异系数从6.60%~262.22%,平均变异系数为37.50%。从150个随机引物中筛选出21个进行RAPD分析,结果表明,在检测到的167条带中有130条具有多态性,多态带比率为73.23%;平均每个引物检测到的条带数多达8条,平均Shannon信息指数(Ⅰ)为0.268。基于农艺性状的聚类分析将70份中国南瓜种质分为七类。基于RAPD标记的聚类分析将70份中国南瓜种质分为五类,其聚类结果与形态特征有一定的相关性。但两种聚类结果均无法从地理来源上进行区分。

2008

0.0

肖祖梅. 观赏南瓜种质资源遗传多样性的RAPD和ISSR分析[D]. 重庆: 西南大学, 2008.

观赏南瓜又称玩具南瓜,原产于热带地区,是葫芦科南瓜属一年生蔓性草本植物,多属于美洲南瓜类型。观赏南瓜是以果实器官作为观赏对象的,外形乖巧美观,色彩丰富;适合种植在温室、大棚等保护设施内,也适合园林绿化、造型布景之用,具有独特的观赏性和利用价值,因此,引起了人们的广泛关注。观赏南瓜种质资源遗传多样性研究,有利于观赏南瓜资源的收集、保存、鉴定、创新和合理利用。分子标记能直接从DNA水平反映种质之间的遗传差异,是研究植物遗传多样性的有效工具。RAPD和ISSR标记具有简单、快速、无种属特异性、节约成本的优点,被广泛应用于遗传多样性和植物分类研究。本研究应用RAPD和ISSR标记相结合,运用聚类分析对28份观赏南瓜材料的遗传多样性进行了研究。主要结果如下: 1.建立了优化的观赏南瓜RAPD和ISSR反应分析体系。20μLRAPD反应体系为2.0mmol/LMg~(2+)、0.15mmol/L dNTPs、1.0U TaqDNA聚合酶、20ng模板DNA和10pmol引物:20μL ISSR反应体系为2.0mmol/L Mg~(2+)、0.25mmol/L dNTPs、0.5U TaqDNA聚合酶、20ng模板DNA和10pmol引物。 2.从300条RAPD引物中筛选出12条引物分别对28份观赏南瓜基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出89条带,多态性条带数为73,多态性比例为82%。反应扩增的条带分子量一般在300～3000bp范围内。每个引物扩增的条带数目在5～11条之间,平均每条引物扩增出7.4条带。基于RAPD数据估计观赏南瓜种质材料的遗传相似系数(GS)结果,28份材料之间的GS值在0.31～0.99之间,平均为0.73,由供试材料RAPD分子标记数据的相似系数聚类分析所绘出的树状聚类,当GS=0.72～0.76时,可将28份观赏南瓜种质划分为四大类。 3.从100条ISSR引物中用筛选出的13条引物分别对28份观赏南瓜基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出93条带,多态性条带数为81,多态性比例为86%。反应扩增的条带分子量一般在300～3000bp范围内。每个引物扩增的条带数目在4～11条之间,平均每条引物扩增出7.15条带。基于ISSR数据估计观赏南瓜种质材料的遗传相似系数(GS)结果,28份材料之间的GS值在0.33～0.99之间,平均为0.68。由供试材料ISSR分子标记数据的相似系数聚类分析所绘出的树状聚类图。当GS=0.67～0.70时,可将28份观赏南瓜种质划分为三大类。 4.将RAPD、ISSR的遗传相似系数矩阵进行相关分析,RAPD与ISSR相关系数为0.862,达极显著水平。说明经过优化后的RAPD和ISSR技术较为稳定,表明应用这两种技术对观赏南瓜进行遗传多样性分析具有较高的一致性和可信度。 5.基于RAPD和ISSR混合数据估计观赏南瓜种质的遗传相似系数(GS)结果,28份观赏南瓜材料之间的GS值在0.34～0.97之间,平均为0.70,处于RAPD和ISSR之间,但差别不大。由供试材料的RAPD和ISSR两种实验方法的数据混合后的相似系数聚类分析所绘出的树状聚类图,当GS=0.70～0.74时,可将28份观赏南瓜种质划分为三大类。这与RAPD和ISSR分析的结果甚为相似,但比较而言,与ISSR分析的结果更为相近。

2011

0.0

杨正安, 孟平红, 代贤, 等. 云南黑籽南瓜种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析[J]. 植物遗传资源学报, 2011, 12(6): 860-864.

Abstract: Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeat (ISSR) molecular markers were used to detect the genetic diversity among 13 Cucurbita ficifolia resources from 6 prefecture of Yunnan．The results showed that 43 and 41 bands were obtained by RAPD and ISSR markers amplified through 6 selected primers respectively．The PPB (percentage of polymorphic bands) in RAPD detection (90.70％ ) was higher than that in ISSR (51.21％)．The similarity coeficient ranging from 0.340 to 0.895 and from 0.162 to 0.941 respectively, and the ISSR (mean value of GS was 0.481) was more efficient than RAPD (mean value of GS was 0.698)．The germplasms were divided into three main cluster groups and five inferior groups by RAPD, and it also could be divided into four main cluster groups and six inferior groups by ISSR．The significant correlation between RAPD and ISSR markers was observed(r=0.536)．The dendrogram was constructed by UPGMA method could provide theoretical basis for Cucurbita ficifolia introduction culture or cross breeding in future.

摘要: 采用RAPD和ISSR分子标记技术对来源于云南省6个地州13份的黑籽南瓜种质进行遗传多样性分析。结果表明：6个RAPD和6个ISSR引物分别扩增出43条和41条带，多态性比率分别为90.70%和51.21%；RAPD和ISSR标记检测供试材的遗传相似性系数(Gs)范围，分别为0.340-0.895和0.162-0.941，ISSR(平均GS值0.698)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.481)。RAPD标记聚类分析将供试种质分为3个类群5组；ISSR标记聚类分析将供试种质分为4个类群6组，RAPD和ISSR标记的遗传相似性系数呈显著相关(r=0.536)。基于UPGMA聚类结果，可为黑籽南瓜的引种栽培或品种改良提供参考。

2005

0.0

张天明. 南瓜种质资源多样性及亲缘关系的AFLP分析[D]. 北京: 中国农业科学院, 2005.

南瓜属作物在世界范围内广泛分布,中国更是南瓜种植大国,具有丰富的南瓜种质资源。南瓜具有丰富的营养成分和极高的药用价值,因此,南瓜的开发利用受到越来越多蔬菜学家的关注。然而,长期以来南瓜属种质资源的搜集、保存、开发以及利用并没有得到足够的重视,品种混杂现象严重。所以,广泛搜集南瓜属种质资源,加强南瓜属种质资源的整理、开发利用以及种质保存工作十分必要。本研究搜集了88份来源和类型不同的代表性南瓜属种质,开展南瓜属作物遗传多样性和亲缘关系研究,旨在从分子水平探讨南瓜属种质资源的多样性分布、亲缘关系以及在分类学上的地位,鉴别和发现新的基因源,为种质资源的收集、整理、保存和开发利用提供一定的理论和实践依据。主要研究结果如下: 本研究采用AFLP分子标记技术,从形态学和分子角度对88份南瓜属蔬菜的遗传多样性以及亲缘关系进行了探讨。通过对64对E+2/M+3引物组合的筛选,选出10对多态性较高,且带形清晰的引物组合。这10对引物组合共获得515条清晰可辨的标记,其中有202条多态性标记,平均多态带比率为39.22%。多态率最高的引物组合为E-TT/M-CAC,为51.06%,而最低的组合为E-AT/M-CAT,仅为13.46%,所以引物的选用对全面揭示南瓜属种质资源的遗传多样性是非常重要的。同时使用NTSYS-pc及Mega2.1两种软件,通过UPGMA对所得的多态性标记进行聚类分析,两种软件聚类分析得出的结果完全一致,在相似性系数分别为0.55和0.20处,均将供试材料分成了四大类群,即中国南瓜类群、美洲南瓜类群、印度南瓜类群和黑籽南瓜类群。在四个类群中,黑籽南瓜和美洲南瓜的亲缘关系最近,和中国南瓜的亲缘关系次之,和印度南瓜的亲缘关系最远:三个常见的栽培种,即中国南瓜,美洲南瓜和印度南瓜三者之间,美洲南瓜和中国南瓜的亲缘关系较近,与印度南瓜的亲缘关系较远。中国南瓜类群以中国南瓜为主,该类群包括的种质数量较多,各种质间的叶形、瓜型、果实颜色等的差异也较大,这些种质的遗传多样性与我国南瓜栽培历史比较悠久,栽培地域辽阔,生态环境多种多样有关,这从DNA水平上证明了我国南瓜种质具有较广的遗传背景,这为南瓜属种质资源的收集、开发利用以及新品种的选育提供了重要的参考依据。

2013

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... 但是在南瓜种质资源评价中的应用还较少^[16,17,18] ...

... 29^[16,17,18],这可能与所选择的分子标记位点受自然及人工选择压力较小有关 ...

... 这与已发表的利用SSR、ISSR、SRAP等分子标记分析结果一致^{[16, 26,27]} ...

2014

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... 但是在南瓜种质资源评价中的应用还较少^[16,17,18] ...

... 29^[16,17,18],这可能与所选择的分子标记位点受自然及人工选择压力较小有关 ...

2014

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李鹤, 郭世荣, 束胜, 等. 砧用南瓜种质资源形态学性状与SSR标记分析[J]. 园艺学报, 2014, 41(7): 1379-1390.

Forty-seven accessions of rootstock-used pumpkin were collected in this research. Analyses of genetic diversity and relationships were done with 63 phenotypes and 40 SSR markers. It was observed that H’> 1.00 with eight qualitative characters（tender gourd skin color，fruit shape，main vine color， skin speckle，foliage white spotting，leaf shape，tender gourd speckle and color）and 23 quantitative characters. One hundred and sixty-seven polymorphic bands were generated. An average of 4.18 polymorphic bands were detected from one pair SSR primers，and they ranged from 2 to 8. H’ranged from 0.16 to 1.18，and its average was 0.62. Forty-seven germplasms were divided into four groups by 63 morphological traits，and most of the germplasms were clustered into one group. Three groups were divided by 40 higher polymorphic SSR primers，similar to the result of our previous morphological study. The genetic diversity of collected rootstock-used pumpkin germplasms was low，and the genetic relationship was close. SSR marker CMTm11，with a high polymorphism，could be used in molecular marker assisted selection. Eight quality traits and most of the quantitative traits could be used as morphological markers， as an auxiliary means of rootstock-used pumpkin germplasms evaluation and breeding of new varieties.

搜集了设施黄瓜嫁接栽培中常用的47 份砧用南瓜种质资源，利用63 个形态标记和40 对南瓜SSR 标记，对其进行遗传多样性及亲缘关系鉴定。结果表明，砧用南瓜的8 个质量性状（嫩瓜皮色、瓜形、主蔓色、瓜面斑纹、叶面白斑、叶形、嫩瓜斑纹和嫩瓜斑纹色）和23 个数量性状的多样性指数大于1.00；SSR 标记共检测到167 个等位变异，平均每个SSR 位点的等位基因数为4.18 个，变幅2 ~ 8 个，平均多样性指数为0.62，变化范围0.16 ~ 1.18。非加权算术平均法（UPGMA）聚类分析表明，砧用南瓜 63 个形态学性状将47 份种质划分为4 个类群，大部分品种集中于一个类群中；40 对多态性SSR 标记将所有种质划分为3 个类群，大部分品种的分子标记与形态学标记的聚类结果相似。已搜集的47 份砧用南瓜种质资源遗传多样性并不丰富，亲缘关系较近；SSR 标记CMTm11 具有极高的多态性，可用于砧用南瓜种质分子标记辅助选择；嫩瓜皮色等8 个质量性状和大部分数量性状都可以作为形态标记辅助种质资源评价及新品种选育。

... 但是在南瓜种质资源评价中的应用还较少^[16,17,18] ...

... 29^[16,17,18],这可能与所选择的分子标记位点受自然及人工选择压力较小有关 ...

2014

0.0

2010

0.0

刘小俊, 李跃建, 梁根云, 等. 南瓜资源遗传多样性的SRAP分析[J]. 四川大学学报(自然科学版), 2010, 47(5): 1195-1200.

2012

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汤青林, 宋明, 肖祖梅, 等. 观赏南瓜及葫芦种质资源遗传多样性分子评价[J]. 植物遗传资源学报, 2012, 13(3): 406-413.

Abstract: Genetic relationships and diversities of 28 ornamental pumpkin and gourd accessions were assessed by random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeat(ISSR) molecular markers. The results showed that 89 and 93 amplification bands were obtained by 12 selected RAPD and 13 selected ISSR primers, respectively. The PPB (percentage of polymorphic bands) in ISSR detection (86% ) was higher than that in RAPD (82% ).The similarity coefficient ranging from 0.33 to 0.99 and from 0.31 to 0.99 respectively，and the ISSR (mean value of GS was 0.68) was more efficient than RAPD (mean value of GS was 0.73)．Using cluster analysis (UPGMA) based on those polymorphism mixture bands amplified with RAPD and ISSR primers, the 28 accessions were classified into three groups obviously related with fruit skin color and shape. Group Ⅰ included 15 accessions, which fruit shapes were oblate, ovoid, spherical or cylinder, and which fruit developmental traits were early or late maturation. Group Ⅱincluded 11 accessions, which fruit shapes were soup spoon, pear, oblate spheroid or crown, and which fruit developmental traits were early or middle maturation. Group Ⅲ included 2 accessions with the fruit traits of gourd shape and late maturation.

摘要：利用RAPD和ISSR标记对28份观赏南瓜及葫芦种质资源进行遗传多样性分子评价。结果表明：12个RAPD引物和13个ISSR引物分别扩增出89条和93条清晰谱带，平均每个引物分别扩增出6.1条和6.2条多态性谱带，多态性比率分别为82%和86%。RAPD和ISSR标记检测供试材料的遗传相似性系数(GS)范围分别为0.31～0.99和0.33～0.99，ISSR(平均GS值0.68)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.73)。利用UPGMA法基于RAPD与ISSR混合聚类，将28份观赏南瓜及葫芦种质分为3类，类群的划分与果实形状明显相关：第Ⅰ类群包括15份种质，为扁圆形、卵圆形、圆球形或圆筒状的早熟或晚熟果实；第Ⅱ类群包括11份种质，为汤匙形、梨形、扁球形或皇冠形的早中熟果实；第Ⅲ类群包括2份种质，为葫芦形的晚熟果实。

1980

0.0

... DNA提取方法参照文献^[22] ...

2008

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... SSR引物序列参考文献^[23],本研究选取其中扩增条带清晰、稳定、多态性高的50对引物进行分析,引物由上海英潍捷基生物公司合成,引物序列见表2 ...

... 最近,超过500对南瓜SSR分子标记被公布^[23] ...

2014

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李昕升, 王思明. 南瓜在中国的引种推广及其影响[J]. 中国历史地理论丛, 2014, 29(4): 81-92.

... 3 讨论南瓜自明代传入我国浙江和福建以来,迅速北上南下,成为解决人民温饱的重要农作物^[24] ...

2005

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... SSR分子标记因其重复性高、基因组分布及数量丰富等优势而在种质资源评价、遗传进化、分子育种等方面而被广泛应用^[25] ...

2015

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卢丽芳, 朱海生, 温庆放, 等. 南瓜种质资源遗传多样性的SRAP分析[J]. 热带作物学报, 2015, 36(12): 2142-2148.

In this study，SRAP was used to analyse the genetic relationship of 85 accessions in squash. Seventeen pairs of primers were screened out of 100 primer pairs which produced 200 DNA bands, with 187 bands of polymorphic and 13 bands for all squash. The ratio of polymorphic bands was 93.5%. Based on the SRAP data，the genetic similarity coefficient of 85 accessions in squash was between 0.450 0 to 0.985 0, which was calculated by Ntsys2. 10e. Through cluster analysis，Squashes were divided into three groups：Cucurbita moschata，C. maxima，C. pepo. The relationship of C. moschata and C. pepo were close，the kinship with the C. maxima was far.

本研究应用SRAP分子标记技术对所收集的85份南瓜资源进行亲缘关系分析，从100对引物中挑出17对引物对其进行条带扩增。结果表明：共获得条带200条，差异带有187条，13条条带为所有南瓜品种所共有，多态性比例为93.5％。基于SRAP数据通过Ntsys2.10e软件计算出85份南瓜资源的遗传相似系数在0.450 0～0.985 0。通过聚类分析将所收集的南瓜资源分为3大类：中国南瓜、印度南瓜、美洲南瓜，亲缘关系较近的是中国南瓜与美洲南瓜，二者与印度南瓜的亲缘关系较远。

... 这与已发表的利用SSR、ISSR、SRAP等分子标记分析结果一致^{[16, 26,27]} ...

... 88,表明材料间具有一定程度的差异,对密本南瓜的研究中也发现类似现象^[26] ...

2015

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朱海生, 卢丽芳, 陈敏氡, 等. 南瓜种质资源遗传多态性的ISSR分析[J]. 分子植物育种, 2015, 13(6): 1302-1308.

本研究应用ISSR分子标记技术对85份南瓜种质资源进行遗传多样性分析。结果显示：从100条ISSR引物中筛选出12条引物进行PCR扩增，共获得条带125条，多态性占115条，10条条带为所有南瓜品种所共有，平均每个引物的条带数为10.42条，多态性比例为92%。通过Ntsys2.10e软件计算出85份南瓜资源的遗传相似系数0.3840~1.0000之间。通过聚类分析将所收集的南瓜品种分为三类：分别是美洲南瓜、中国南瓜和印度南瓜，其中亲缘关系较近的是中国南瓜和美洲南瓜，中国南瓜和美洲南瓜与印度南瓜的亲缘关系均比较远。本研究为南瓜种质资源的保护、利用及新品种的培育提供了科学依据。

... 这与已发表的利用SSR、ISSR、SRAP等分子标记分析结果一致^{[16, 26,27]} ...

... 96,疑为同一材料短时间内分离而来,已发表研究也有类似结果^[27] ...