Journal of Zhejiang Agricultural Sciences ›› 2020, Vol. 61 ›› Issue (11): 2377-2381.DOI: 10.16178/j.issn.0528-9017.20201156
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Received:2020-09-12
Online:2020-11-11
Published:2020-11-11
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URL: http://www.zjnykx.cn/EN/10.16178/j.issn.0528-9017.20201156
| 微卫星座位 | 引物(5'-3') | 核心序列 | 产物长度/bp |
|---|---|---|---|
| 4179 | 正向:GCAGTCTTGAAAAACAGCAGGT | (AG)13 | 240~268 |
| 反向:CCCCACATTTCCACCCCAAT | |||
| 10049 | 正向:TACGTACGCCTCTGCTTGAC | (AG)12 | 252~274 |
| 反向:CCTTCTCGAGCGTGAGTCTC | |||
| 11206 | 正向:ACAAGCAATACCAACATGCCG | (AG)13 | 262~294 |
| 反向:TGGCCCCATTGAGAAAGAACT | |||
| 12759 | 正向:CCGCGTGGATTTTGTCTTGG | (AG)14 | 267~292 |
| 反向:AGGATCGCCATGTCTGTGAA | |||
| 51708 | 正向:GTGAGATCTCCACGCCCAAA | (AAG)15 | 234~251 |
| 反向:TCAGCGCATTCAGTCGGTTT | |||
| 75401 | 正向:AGGGTTTTTGTTTCTGCTTCACA | (AG)17 | 167~202 |
| 反向:TGCAACCTGGTCCCAGAATC | |||
| 112473 | 正向:CCTAACAAGACCAGTGGGGG | (AAG)12 | 258~301 |
| 反向:CGTTTACCCTTAGTCGCCGT | |||
| 144045 | 正向:TGCAGTGTGGGGTCTTTTGT | (AAC)10 | 137~202 |
| 反向:ACGTCAGCTGTCAACAGTGT | |||
| 168970 | 正向:CCACACCACCAGCAACTTTG | (AAT)15 | 195~240 |
| 反向:AGCATGGAAGAGGCTGGAAT |
| 微卫星座位 | 引物(5'-3') | 核心序列 | 产物长度/bp |
|---|---|---|---|
| 4179 | 正向:GCAGTCTTGAAAAACAGCAGGT | (AG)13 | 240~268 |
| 反向:CCCCACATTTCCACCCCAAT | |||
| 10049 | 正向:TACGTACGCCTCTGCTTGAC | (AG)12 | 252~274 |
| 反向:CCTTCTCGAGCGTGAGTCTC | |||
| 11206 | 正向:ACAAGCAATACCAACATGCCG | (AG)13 | 262~294 |
| 反向:TGGCCCCATTGAGAAAGAACT | |||
| 12759 | 正向:CCGCGTGGATTTTGTCTTGG | (AG)14 | 267~292 |
| 反向:AGGATCGCCATGTCTGTGAA | |||
| 51708 | 正向:GTGAGATCTCCACGCCCAAA | (AAG)15 | 234~251 |
| 反向:TCAGCGCATTCAGTCGGTTT | |||
| 75401 | 正向:AGGGTTTTTGTTTCTGCTTCACA | (AG)17 | 167~202 |
| 反向:TGCAACCTGGTCCCAGAATC | |||
| 112473 | 正向:CCTAACAAGACCAGTGGGGG | (AAG)12 | 258~301 |
| 反向:CGTTTACCCTTAGTCGCCGT | |||
| 144045 | 正向:TGCAGTGTGGGGTCTTTTGT | (AAC)10 | 137~202 |
| 反向:ACGTCAGCTGTCAACAGTGT | |||
| 168970 | 正向:CCACACCACCAGCAACTTTG | (AAT)15 | 195~240 |
| 反向:AGCATGGAAGAGGCTGGAAT |
| 微卫星座位 | 大小 | 等位基因数 Na | 有效等位基因数 Ne | 香农信息 指数I | 观察纯合度 Obs_Hom | 观察杂合度 Obs_Het |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 4179 | 254 | 10 | 4.247 8 | 1.805 5 | 0.149 6 | 0.850 4 |
| 10049 | 254 | 5 | 2.567 7 | 1.206 5 | 0.299 2 | 0.700 8 |
| 11206 | 252 | 8 | 5.034 4 | 1.767 5 | 0.222 2 | 0.777 8 |
| 12759 | 248 | 8 | 5.678 0 | 1.884 1 | 0.459 7 | 0.540 3 |
| 51708 | 254 | 7 | 3.398 4 | 1.440 9 | 0.078 7 | 0.921 3 |
| 75401 | 254 | 8 | 4.886 8 | 1.755 5 | 0.307 1 | 0.692 9 |
| 112473 | 254 | 8 | 5.172 0 | 1.781 4 | 0.472 4 | 0.527 6 |
| 14405 | 250 | 7 | 5.987 7 | 1.858 0 | 0.304 0 | 0.696 0 |
| 168970 | 254 | 9 | 6.486 6 | 1.971 9 | 0.637 8 | 0.362 2 |
| 微卫星座位 | 总体期望纯合度 Exp_Hom | 总体期望杂合度 Exp_Het | 遗传距离 Nei | 平均杂合度 Ave_Het | 多态信息含量 PIC | |
| 4179 | 0.232 4 | 0.767 6 | 0.764 6 | 0.696 3 | 0.764 5 | |
| 10049 | 0.387 0 | 0.613 0 | 0.610 5 | 0.522 9 | 0.607 4 | |
| 11206 | 0.195 4 | 0.804 6 | 0.801 4 | 0.669 1 | 0.800 0 | |
| 12759 | 0.172 8 | 0.827 2 | 0.823 9 | 0.570 4 | 0.810 4 | |
| 51708 | 0.291 5 | 0.708 5 | 0.705 7 | 0.611 5 | 0.703 5 | |
| 75401 | 0.201 5 | 0.798 5 | 0.795 4 | 0.676 0 | 0.775 2 | |
| 112473 | 0.190 2 | 0.809 8 | 0.806 7 | 0.620 5 | 0.802 2 | |
| 14405 | 0.163 7 | 0.836 3 | 0.833 0 | 0.679 8 | 0.827 8 | |
| 168970 | 0.150 8 | 0.849 2 | 0.845 8 | 0.711 4 | 0.844 9 |
| 微卫星座位 | 大小 | 等位基因数 Na | 有效等位基因数 Ne | 香农信息 指数I | 观察纯合度 Obs_Hom | 观察杂合度 Obs_Het |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 4179 | 254 | 10 | 4.247 8 | 1.805 5 | 0.149 6 | 0.850 4 |
| 10049 | 254 | 5 | 2.567 7 | 1.206 5 | 0.299 2 | 0.700 8 |
| 11206 | 252 | 8 | 5.034 4 | 1.767 5 | 0.222 2 | 0.777 8 |
| 12759 | 248 | 8 | 5.678 0 | 1.884 1 | 0.459 7 | 0.540 3 |
| 51708 | 254 | 7 | 3.398 4 | 1.440 9 | 0.078 7 | 0.921 3 |
| 75401 | 254 | 8 | 4.886 8 | 1.755 5 | 0.307 1 | 0.692 9 |
| 112473 | 254 | 8 | 5.172 0 | 1.781 4 | 0.472 4 | 0.527 6 |
| 14405 | 250 | 7 | 5.987 7 | 1.858 0 | 0.304 0 | 0.696 0 |
| 168970 | 254 | 9 | 6.486 6 | 1.971 9 | 0.637 8 | 0.362 2 |
| 微卫星座位 | 总体期望纯合度 Exp_Hom | 总体期望杂合度 Exp_Het | 遗传距离 Nei | 平均杂合度 Ave_Het | 多态信息含量 PIC | |
| 4179 | 0.232 4 | 0.767 6 | 0.764 6 | 0.696 3 | 0.764 5 | |
| 10049 | 0.387 0 | 0.613 0 | 0.610 5 | 0.522 9 | 0.607 4 | |
| 11206 | 0.195 4 | 0.804 6 | 0.801 4 | 0.669 1 | 0.800 0 | |
| 12759 | 0.172 8 | 0.827 2 | 0.823 9 | 0.570 4 | 0.810 4 | |
| 51708 | 0.291 5 | 0.708 5 | 0.705 7 | 0.611 5 | 0.703 5 | |
| 75401 | 0.201 5 | 0.798 5 | 0.795 4 | 0.676 0 | 0.775 2 | |
| 112473 | 0.190 2 | 0.809 8 | 0.806 7 | 0.620 5 | 0.802 2 | |
| 14405 | 0.163 7 | 0.836 3 | 0.833 0 | 0.679 8 | 0.827 8 | |
| 168970 | 0.150 8 | 0.849 2 | 0.845 8 | 0.711 4 | 0.844 9 |
| 群体 | 等位基因数Na | 有效等位基因数Ne | 香农信息指数I | 观测杂合度Ho | 期望杂合度He | 多态信息含量PIC |
|---|---|---|---|---|---|---|
| I | 2.777 8 | 2.078 8 | 0.792 3 | 0.208 3 | 0.791 7 | 0.453 7 |
| R | 5.444 4 | 3.061 2 | 1.274 2 | 0.431 3 | 0.568 7 | 0.469 9 |
| B | 4.555 6 | 3.056 1 | 1.185 6 | 0.357 4 | 0.642 6 | 0.442 6 |
| C | 5.777 8 | 3.530 6 | 1.423 3 | 0.261 9 | 0.738 1 | 0.518 8 |
| T | 6.666 7 | 3.930 5 | 1.551 3 | 0.286 7 | 0.713 3 | 0.548 3 |
| 群体 | 等位基因数Na | 有效等位基因数Ne | 香农信息指数I | 观测杂合度Ho | 期望杂合度He | 多态信息含量PIC |
|---|---|---|---|---|---|---|
| I | 2.777 8 | 2.078 8 | 0.792 3 | 0.208 3 | 0.791 7 | 0.453 7 |
| R | 5.444 4 | 3.061 2 | 1.274 2 | 0.431 3 | 0.568 7 | 0.469 9 |
| B | 4.555 6 | 3.056 1 | 1.185 6 | 0.357 4 | 0.642 6 | 0.442 6 |
| C | 5.777 8 | 3.530 6 | 1.423 3 | 0.261 9 | 0.738 1 | 0.518 8 |
| T | 6.666 7 | 3.930 5 | 1.551 3 | 0.286 7 | 0.713 3 | 0.548 3 |
| 微卫星座位 | 样品大小 | 群体内近交系数Fis | 总群体近交系数Fit | 群体间遗传分化系数Fst | 基因流Nm* |
|---|---|---|---|---|---|
| 4179 | 254 | -0.201 3 | -0.136 8 | 0.053 7 | 4.406 0 |
| 10049 | 254 | -0.412 3 | -0.221 0 | 0.135 5 | 1.595 5 |
| 11206 | 252 | -0.214 6 | -0.007 0 | 0.170 9 | 1.212 6 |
| 12759 | 248 | 0.162 9 | 0.392 5 | 0.274 3 | 0.661 5 |
| 51708 | 254 | -0.525 8 | -0.312 8 | 0.139 6 | 1.540 9 |
| 75401 | 254 | -0.037 1 | 0.136 9 | 0.167 8 | 1.239 9 |
| 112473 | 254 | 0.093 7 | 0.303 2 | 0.231 2 | 0.831 3 |
| 14405 | 250 | -0.085 2 | 0.120 8 | 0.189 8 | 1.067 1 |
| 168970 | 254 | 0.411 9 | 0.505 8 | 0.159 6 | 1.316 6 |
| Mean | 253 | -0.079 3 | 0.105 8 | 0.171 5 | 1.207 7 |
| 微卫星座位 | 样品大小 | 群体内近交系数Fis | 总群体近交系数Fit | 群体间遗传分化系数Fst | 基因流Nm* |
|---|---|---|---|---|---|
| 4179 | 254 | -0.201 3 | -0.136 8 | 0.053 7 | 4.406 0 |
| 10049 | 254 | -0.412 3 | -0.221 0 | 0.135 5 | 1.595 5 |
| 11206 | 252 | -0.214 6 | -0.007 0 | 0.170 9 | 1.212 6 |
| 12759 | 248 | 0.162 9 | 0.392 5 | 0.274 3 | 0.661 5 |
| 51708 | 254 | -0.525 8 | -0.312 8 | 0.139 6 | 1.540 9 |
| 75401 | 254 | -0.037 1 | 0.136 9 | 0.167 8 | 1.239 9 |
| 112473 | 254 | 0.093 7 | 0.303 2 | 0.231 2 | 0.831 3 |
| 14405 | 250 | -0.085 2 | 0.120 8 | 0.189 8 | 1.067 1 |
| 168970 | 254 | 0.411 9 | 0.505 8 | 0.159 6 | 1.316 6 |
| Mean | 253 | -0.079 3 | 0.105 8 | 0.171 5 | 1.207 7 |
| 群体 | 以色列Y | 缅甸M | 孟加拉J | 核心H | 泰国T |
|---|---|---|---|---|---|
| 以色列I | 0.667 8 | 0.367 4 | 0.432 7 | 0.424 2 | |
| 缅甸R | 0.403 8 | 0.621 6 | 0.703 0 | 0.524 5 | |
| 孟加拉B | 1.001 2 | 0.475 5 | 0.796 5 | 0.443 4 | |
| 核心C | 0.837 7 | 0.352 3 | 0.227 6 | 0.559 9 | |
| 泰国T | 0.857 5 | 0.645 3 | 0.813 2 | 0.580 0 |
| 群体 | 以色列Y | 缅甸M | 孟加拉J | 核心H | 泰国T |
|---|---|---|---|---|---|
| 以色列I | 0.667 8 | 0.367 4 | 0.432 7 | 0.424 2 | |
| 缅甸R | 0.403 8 | 0.621 6 | 0.703 0 | 0.524 5 | |
| 孟加拉B | 1.001 2 | 0.475 5 | 0.796 5 | 0.443 4 | |
| 核心C | 0.837 7 | 0.352 3 | 0.227 6 | 0.559 9 | |
| 泰国T | 0.857 5 | 0.645 3 | 0.813 2 | 0.580 0 |
| [1] | 郭慧, 张秀霞, 郑佩华, 等. 重金属对罗氏沼虾血细胞活性和酯酶活力的影响[J]. 中国水产科学, 2017,24(5):1123-1130. |
| [2] | 杨柯, 马春艳, 马凌波, 等. 凡纳滨对虾引进群体和养殖群体的PCR-RFLP分析[J]. 海洋渔业, 2010,32(1):16-23. |
| [3] | 张敏莹, 徐东坡, 段金荣, 等. 太湖秀丽白虾遗传多样性的RAPD分析[J]. 中国农学通报, 2008,24(3):459-462. |
| [4] | 夏建海. 三个不同地理野生群体日本沼虾遗传多样性的SSR分析[D]. 长沙: 湖南农业大学, 2014. |
| [5] | 杨频, 陈立侨, 王伟, 等. 日本沼虾遗传多样性的ISSR分析[J]. 中国水产科学, 2010,17(5):913-921. |
| [6] | 周巧. 青虾高多态性EST-SSR标记的筛选及遗传多样性的研究[D]. 南京: 南京农业大学, 2013. |
| [7] | 傅洪拓, 乔慧, 姚建华, 等. 基于SRAP分子标记的海南沼虾种群遗传多样性[J]. 生物多样性, 2010,18(2):145-149. |
| [8] | 周丽青, 杨爱国, 刘志鸿, 等. 基于遗传连锁图谱筛选虾夷扇贝性别相关AFLP分子标记的方法[J]. 渔业科学进展, 2014,35(6):103-109. |
| [9] | 熊良伟, 王帅兵, 岳丽佳, 等. 宽体金线蛭基因组SSR序列特征分析及其分子标记开发[J]. 南方农业学报, 2018,49(11):2298-2303. |
| [10] | 于肖夏, 南志标, 于卓, 等. 基于SSR分子标记的高丹草遗传图谱构建及相关性状QTL定位[J]. 分子植物育种, 2018,16(16):5347-5358. |
| [11] | 赵雅楠, 王颖, 张东杰. 辽宁地区绿豆品种SSR指纹图谱构建及品种鉴定[J]. 食品科学, 2018,39(6):284-290. |
| [12] | 杨娟, 王雯, 沈火林. 辣椒恢复基因SSR标记定位及分子标记辅助选择育种[J]. 中国瓜菜, 2010,23(5):1-5. |
| [13] | 李鹏. 凡纳滨对虾群体亲缘关系鉴定及生长性状遗传标记筛选、优化和验证[D]. 上海: 上海海洋大学, 2017. |
| [14] | 武小斌. 日本沼虾4个野生群体形态学(体征)分析及遗传多样性研究[D]. 保定: 河北大学, 2017. |
| [15] | 陈劲枫, 庄飞云, 逯明辉, 等. 采用SSR和RAPD标记研究黄瓜属(葫芦科)的系统发育关系[J]. 植物分类学报, 2003,41(5):427-435. |
| [16] | 王传聪, 唐修阳, 项杰, 等. 罗氏沼虾转录组SSR标记信息分析[J]. 江苏农业科学, 2018,46(22):56-59. |
| [17] | 蒋飞, 戴习林, 朱其建, 等. 罗氏沼虾5个专门化品系选择系生长比较及其遗传结构分析[J]. 上海海洋大学学报, 2014,23(3):329-337. |
| [18] | 戴习林, 刘洁, 李晶晶, 等. 罗氏沼虾种群SSR分析中样本量及标记量对遗传多样性指标的影响[J]. 水产学报, 2017,41(7):1083-1095. |
| [19] |
BOTSTEIN D, WHITE R L, SKOLNICK M, et al. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms[J]. American Journal of Human Genetics, 1980,32(3):314-331.
URL PMID |
| [20] | 史晓薇, 任峰玲, 耿东, 等. 陕西汉族人群2号和11号染色体15个STR基因座的遗传多态性[J]. 中南大学学报(医学版), 2008,33(7):587-591. |
| [21] | 彭婵, 陈慧玲, 张新叶, 等. 楸树SSR标记在滇楸中的可转移性与应用[J]. 东北林业大学学报, 2019,47(2):50-55. |
| [22] | 傅鸿妃, 吕晓菡, 陈建瑛, 等. 辣椒种质表型性状与SSR分子标记的遗传多样性分析[J]. 核农学报, 2018,32(7):1309-1319. |
| [23] | 甘西, 邓凤姣, 陈晓汉, 等. 罗氏沼虾遗传多样性的RAPD研究[J]. 武汉大学学报(自然科学版), 2000,46(2):215-218. |
| [24] | 张海琪, 何中央, 徐晓林, 等. 罗氏沼虾缅甸野生群体和浙江养殖群体的遗传多样性比较[J]. 中国水产科学, 2004,11(6):506-512. |
| [25] | 张海琪, 何中央, 徐晓林, 等. 罗氏沼虾不同群体生化遗传变异的比较分析[J]. 西南农业大学学报(自然科学版), 2004,26(5):632-635,639. |
| [26] | 周劲松. 不同地理种群罗氏沼虾杂交效应及遗传多样性分析[D]. 南京: 南京农业大学, 2006. |
| [27] | 李明云, 张海琪, 朱俊杰, 等. 罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析[J]. 水产学报, 2004,28(4):360-364. |
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