Identification of the purity of Dianhu 1 hybrids using InDel markers

doi:10.16178/j.issn.0528-9017.20240078

Abstract

Abstract:

Dianhu 1 is a new variety of Brassica rapa L.ssp.chinensis L. bred by Ningbo Weimeng Seed Industry Co. Ltd., but the speed of seed purity identification has limited the promotion of this variety. In order to realize high-throughput and rapid identification of the purity of hybrid seeds of this variety, InDel markers for purity detection were developed on the basis of the resequencing of the genomes of the parents of Dianhu 1 (Male parent: EPG-194; Female parent: EPG-168). The DNA samples of Dianhu 1 and its parents were used to select primers D1-7 with complementary band types, clear amplification bands and fast separation speed, and the primers were used to detect the F₁ population of Dianhu 1 in the field. The primer D1-7 was used to test the F₁ population of Dianhu 1 in the field (400 plants for EpG-194×EpG-168 group and 400 plants EpG-168×EpG-194 group). In the experiment, the molecular detection results of primer D1-7 showed that there were 146 and 32 non-F₁ hybrids in the EpG-194×EpG-168 group and EpG-168×EpG-194 group, and 146 and 32 non-F₁ hybrids in the EpG-194×EpG-168 group and EpG-168×EpG-194 group were identified by field phenotyping, which were identical to the results of the 800 single plants identified by the two primers. The results showed that the InDel primers D1-7 accurately identified the mixed maternal selfed hybrids in Dianhu 1 population, which laid the foundation for the rapid identification of the purity of Dianhu 1 hybrids in the future.

Key words: Brassica rapa L.ssp.chinensis L., purity identification, InDel

CLC Number:

S636.9

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Figures/Tables 6

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引物编号	正向引物(5'-3')	反向引物(3'-5')
DH1-6	GAATCGTCGCTCAAATCGGG	TCTTCCGCAGGCTGGAAGA
DH1-7	ATGCGTCAGGAGAATATCGC	CGCCAAGAGAGTTACGAGA
DH1-9	GCCTTCAACTTGGGGTTTAAGGG	CATACAAGGAGCAGCTGACGTG
DH1-10	TGTTTGCGAGGGGTGATTGA	GGTAGGCGAATTCAGGTGAA

引物编号	正向引物(5'-3')	反向引物(3'-5')
DH1-6	GAATCGTCGCTCAAATCGGG	TCTTCCGCAGGCTGGAAGA
DH1-7	ATGCGTCAGGAGAATATCGC	CGCCAAGAGAGTTACGAGA
DH1-9	GCCTTCAACTTGGGGTTTAAGGG	CATACAAGGAGCAGCTGACGTG
DH1-10	TGTTTGCGAGGGGTGATTGA	GGTAGGCGAATTCAGGTGAA

检测样品	检测株数	检测方法	鉴定结果	纯度/ %	吻合度/ %
典湖1号 (EpG-194×EpG-168群体)	396	InDel标记鉴定	上带带型编号:8、10、11、12、15、23、24、25、31、36、37、40、47、55、56、57、59、63、64、65、69、72、73、74、75、76、79、80、81、82、86、89、90、91、92、95、100、102、107、108、109、113、117、118、119、120、122、125、129、134、135、139、140、141、142、144、145、149、150、153、154、161、162、164、170、172、174、178、179、183、185、187、188、192、199、201、204、209、214、215、216、217、221、222、224、225、226、228、230、236、238、240、241、247、248、253、254、255、256、263、265、270、271、273、276、277、278、279、280、282、286、290、292、295、303、305、306、310、314、316、318、332、335、339、340、341、343、345、348、349、355、357、360、361、364、365、370、372、376、377、381、387、396、397(共144株) 无条带编号:104、105、124、363	63.64	99.50
	397	表型鉴定	母本自交种植株编号:8、10、11、12、15、23、24、25、31、36、37、40、47、55、56、57、59、63、64、65、69、72、73、74、75、76、79、80、81、82、86、89、90、91、92、95、100、102、107、108、109、113、117、118、119、120、122、125、129、134、135、139、140、141、142、144、145、149、150、153、154、161、162、164、170、172、174、178、179、183、185、187、188、192、199、201、204、209、214、215、216、217、221、222、224、225、226、228、230、236、238、240、241、247、248、253、254、255、256、263、265、270、271、273、276、277、278、279、280、282、286、290、292、295、303、305、306、310、314、316、318、332、335、339、340、341、343、345、348、349、355、357、360、361、364、365、370、372、376、377、381、387、396、397、124、302(共146株) 枯死无法鉴定植株:104、105、363	63.22
典湖1号 (EpG-168×EpG-194群体)	399	分子检测	下带带型编号:10、15、32、34、42、51、66、80、104、112、132、136、149、150、155、165、176、178、189、192、211、222、265、282、283、287、313、330、331、340、346、376、(共32株) 无条带编号:396	91.92	100.00
	399	表型鉴定	父本自交种植株编号:10、15、32、34、42、51、66、80、104、112、132、136、149、150、155、165、176、178、189、192、211、222、265、282、283、287、313、330、331、340、346、376、(共32株) 枯死无法鉴定植株:396	91.92

检测样品	检测株数	检测方法	鉴定结果	纯度/ %	吻合度/ %
典湖1号 (EpG-194×EpG-168群体)	396	InDel标记鉴定	上带带型编号:8、10、11、12、15、23、24、25、31、36、37、40、47、55、56、57、59、63、64、65、69、72、73、74、75、76、79、80、81、82、86、89、90、91、92、95、100、102、107、108、109、113、117、118、119、120、122、125、129、134、135、139、140、141、142、144、145、149、150、153、154、161、162、164、170、172、174、178、179、183、185、187、188、192、199、201、204、209、214、215、216、217、221、222、224、225、226、228、230、236、238、240、241、247、248、253、254、255、256、263、265、270、271、273、276、277、278、279、280、282、286、290、292、295、303、305、306、310、314、316、318、332、335、339、340、341、343、345、348、349、355、357、360、361、364、365、370、372、376、377、381、387、396、397(共144株) 无条带编号:104、105、124、363	63.64	99.50
	397	表型鉴定	母本自交种植株编号:8、10、11、12、15、23、24、25、31、36、37、40、47、55、56、57、59、63、64、65、69、72、73、74、75、76、79、80、81、82、86、89、90、91、92、95、100、102、107、108、109、113、117、118、119、120、122、125、129、134、135、139、140、141、142、144、145、149、150、153、154、161、162、164、170、172、174、178、179、183、185、187、188、192、199、201、204、209、214、215、216、217、221、222、224、225、226、228、230、236、238、240、241、247、248、253、254、255、256、263、265、270、271、273、276、277、278、279、280、282、286、290、292、295、303、305、306、310、314、316、318、332、335、339、340、341、343、345、348、349、355、357、360、361、364、365、370、372、376、377、381、387、396、397、124、302(共146株) 枯死无法鉴定植株:104、105、363	63.22
典湖1号 (EpG-168×EpG-194群体)	399	分子检测	下带带型编号:10、15、32、34、42、51、66、80、104、112、132、136、149、150、155、165、176、178、189、192、211、222、265、282、283、287、313、330、331、340、346、376、(共32株) 无条带编号:396	91.92	100.00
	399	表型鉴定	父本自交种植株编号:10、15、32、34、42、51、66、80、104、112、132、136、149、150、155、165、176、178、189、192、211、222、265、282、283、287、313、330、331、340、346、376、(共32株) 枯死无法鉴定植株:396	91.92