浙江农业科学 ›› 2021, Vol. 62 ›› Issue (6): 1213-1217.DOI: 10.16178/j.issn.0528-9017.20210647

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一株石油降解菌Aquabacterium olei NBRC 110486的基因组完成图及分析

唐标1ab(), 常江2, 肖兴宁1ab, 吴静1ab, 钱鸣蓉1ab, 杨华1,*()   

  1. 1.浙江省农业科学院a 农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室,b 农产品质量安全与营养研究所,浙江 杭州 310021
    2.上海交通大学 农业与生物学院,上海 200240
  • 收稿日期:2021-04-17 出版日期:2021-06-11 发布日期:2021-06-11
  • 通讯作者: 杨华
  • 作者简介:杨华(1972—),男,研究员,博士,主要从事畜产品质量安全研究工作,E-mail: yanghua@zaas.ac.cn
    唐标(1987—),男,助理研究员,博士,主要从事畜产品质量安全与动物源细菌耐药性研究工作,E-mail: tb_411@163.com
  • 基金资助:
    国家自然科学基金青年项目(31700007);浙江省重点研发计划(2020C02031);省部共建农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室项目(2010DS700124-ZZ2008)

  • Received:2021-04-17 Online:2021-06-11 Published:2021-06-11

摘要:

Aquabacterium olei RBRC 110486是一种新发现的具有降解石油能力的革兰氏阴性菌。为进一步探究该菌株降解石油的分子机制,挖掘菌株可能存在的生物功能,本研究使用PacBio高通量测序技术对其进行全基因组测序,基于完成图进行基因预测、功能注释以及次级代谢产物合成基因簇预测。该菌株基因组大小为3 890 087 bp,GC含量为67.33%,共3 402个蛋白;另外发现大小为366 221 bp的环形质粒pTB101,GC含量为66.91%,325个蛋白。共预测到2个可能的次级代谢产物合成基因簇。定位了该菌株的石油降解关键酶链烷1-单加氧酶AlkB,与假单胞菌属聚类在同一个分支。该基因组是Aquabacterium属的首个报道的序列完成图,已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库,登录号分别为CP029210和CP029211。以上研究将为菌株NBRC 110486的功能基因组学及石油降解特性研究提供基础数据。

关键词: Aquabacterium oleiNBRC 110486, 全基因组完成图, 石油降解

中图分类号: