基于GSS高通量测序技术的怀山药根、茎中内生真菌群落多样性分析

doi:10.16178/j.issn.0528-9017.20180125

浙江农业科学 ›› 2018, Vol. 59 ›› Issue (1): 64-68.DOI: 10.16178/j.issn.0528-9017.20180125

基于GSS高通量测序技术的怀山药根、茎中内生真菌群落多样性分析

刘元^a, 李守婷^a, 申进文^b, 文春南^a, 文晴^b, 阮元^a, 麻兵继^a,*

河南农业大学 a中药材系,b生物系,河南郑州 450002

收稿日期:2017-11-28 出版日期:2018-01-11
通讯作者: 麻兵继(1975—),男,河南驻马店人,教授,博士,从事中药化学与生物学研究工作,E-mail: mbj123@sina.com。
作者简介:刘元(1993—),男,河南驻马店人,在读硕士研究生,研究方向为中药质量标准,E-mail: 1106509498@qq.com。
基金资助:
国家自然科学基金(U1604169);河南省教育厅科学技术研究重点项目(14A360006)

Received:2017-11-28 Online:2018-01-11

摘要/Abstract

摘要： 采用GSS高通量测序技术分别测定怀山药根和茎中内生真菌的内转录间隔区ITS序列,将真菌归类到种或亚种水平。用Qiime和Mothur等软件分析样品的序列数目和操作单元数量,进而分析物种的丰度和Alpha多样性。本试验从怀山药根和茎分别获得的有效序列数为64 774条和273 930条;根、茎OTU数分别为268、308。其中根部内生真菌含5门,14纲,36目,65科,92属,109种;茎部内生真菌包含4门,14纲,38目,66科,95属,112种。结果表明,怀山药根、茎中内生真菌非常丰富,且茎中内生真菌多样性程度略高于根。根的优势菌群为葡萄孢盘菌属(Botryotinia),茎的优势菌群为链格孢属(Alternaria)。

关键词: 怀山药, 内生真菌, GSS高通量测序, 内生真菌多样性

中图分类号:

S567

刘元, 李守婷, 申进文, 文春南, 文晴, 阮元, 麻兵继. 基于GSS高通量测序技术的怀山药根、茎中内生真菌群落多样性分析[J]. 浙江农业科学, 2018, 59(1): 64-68.

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基于GSS高通量测序技术的怀山药根、茎中内生真菌群落多样性分析

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