基于高通量测序的缢蛏三唑磷急性毒性胁迫下miRNA转录组分析

doi:10.16178/j.issn.0528-9017.20221169

摘要/Abstract

摘要：

本文通过高通量测序技术分析了三唑磷急性毒性作用下缢蛏miRNA转录组。结果显示,测序数据过滤后的可用序列(clean reads)中长度为21~22 nt的序列占比最高,即大部分序列为微小RNA(miRNA)。所有样品中可以比对到参考序列的reads数占比为65.93%~96.96%,其中大部分注释结果为已知及预测的miRNA。无度量多维标定法(non-metric multi-dimensional scaling,NMDS)结果显示,三唑磷试验组中在24 h采集的样品可聚为一组,而其他样品之间无明显的分组。三唑磷处理24 h后缢蛏中共有123组miRNA表达量出现明显差异,其中上调的有122组,下调的1组,上调的miRNA主要分布于miR-184和miR10家族。处理48 h后miRNA表达量无显著差异。处理72 h后有39组miRNA表达量出现显著差异且均为上调,上调的miRNA主要为miR184家族。

中图分类号:

S917.4

吴越, 陈星星, 朱洁, 周朝生. 基于高通量测序的缢蛏三唑磷急性毒性胁迫下miRNA转录组分析[J]. 浙江农业科学, 2023, 64(6): 1338-1342.

图/表 5

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样品	序列数	碱基数/bp	Q20/%	Q30/%	GC/%
0d1S	24 536 686	1 864 788 136	96.69	92.72	52.25
0d2S	30 359 690	2 307 336 440	96.88	93.24	50.05
0d3S	26 744 518	2 032 583 368	97.34	93.95	50.54
0d4S	46 531 228	3 536 373 328	96.79	92.82	52.53
2d1S	56 262 198	4 275 927 048	96.72	92.64	52.20
2d2S	53 623 458	4 075 382 808	96.76	92.81	51.89
2d3S	51 883 342	3 943 133 992	96.67	92.55	52.16
2d4S	55 831 634	4 243 204 184	96.87	92.98	51.66
3d1S	74 461 044	5 659 039 344	95.86	90.98	53.10
3d2S	21 485 784	1 632 919 584	96.73	92.86	52.23
3d3S	24 896 056	1 892 100 256	96.80	93.01	51.88
3d4S	57 091 570	4 338 959 320	96.66	92.42	52.95
4d1S	22 427 884	1 704 519 184	97.12	93.56	52.13
4d2S	23 903 002	1 816 628 152	96.89	93.23	50.99
4d3S	29 416 976	2 235 690 176	96.85	93.07	52.10

样品	序列数	碱基数/bp	Q20/%	Q30/%	GC/%
0d1S	24 536 686	1 864 788 136	96.69	92.72	52.25
0d2S	30 359 690	2 307 336 440	96.88	93.24	50.05
0d3S	26 744 518	2 032 583 368	97.34	93.95	50.54
0d4S	46 531 228	3 536 373 328	96.79	92.82	52.53
2d1S	56 262 198	4 275 927 048	96.72	92.64	52.20
2d2S	53 623 458	4 075 382 808	96.76	92.81	51.89
2d3S	51 883 342	3 943 133 992	96.67	92.55	52.16
2d4S	55 831 634	4 243 204 184	96.87	92.98	51.66
3d1S	74 461 044	5 659 039 344	95.86	90.98	53.10
3d2S	21 485 784	1 632 919 584	96.73	92.86	52.23
3d3S	24 896 056	1 892 100 256	96.80	93.01	51.88
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4d1S	22 427 884	1 704 519 184	97.12	93.56	52.13
4d2S	23 903 002	1 816 628 152	96.89	93.23	50.99
4d3S	29 416 976	2 235 690 176	96.85	93.07	52.10

样品	总序列数	可比对序列数	已知miRNA	核糖体RNA	转运RNA	小核RNA	核仁小RNA	预测的miRNA	其他
0d1S	23 391 065	22 110 199	10 395 700	226 440	11 044	5 200	192	7 713 150	3 758 473
0d2S	29 198 763	28 191 772	16 345 182	110 084	4 699	1 554	52	8 384 113	3 346 088
0d3S	23 607 219	22 456 737	10 927 739	257 723	27 184	6 938	112	8 636 101	2 600 940
0d4S	43 043 000	37 383 425	11 144 873	1 350 419	700 427	73 097	1 863	15 783 426	8 329 320
2d1S	50 080 007	42 120 158	13 636 838	2 774 417	234 918	69 707	2 608	14 570 175	10 831 495
2d2S	50 654 066	47 975 467	18 669 641	481 624	25 436	8 486	757	18 372 931	10 416 592
2d3S	47 657 523	43 871 758	14 540 085	1 048 994	99 051	25 743	1 440	17 611 550	10 544 895
2d4S	50 975 604	44 122 066	15 972 237	1 715 913	210 269	35 364	1 481	16 655 866	9 530 936
3d1S	66 470 395	43 826 539	9 500 876	6 407 030	740 140	239 572	3 941	13 503 458	13 431 522
3d2S	20 608 639	19 483 131	6 727 405	245 837	36 239	8 184	107	10 550 127	1 915 232
3d3S	23 973 331	22 533 840	8 874 056	220 443	51 886	8 009	63	11 027 221	2 352 162
3d4S	50 300 729	39 833 242	11 593 030	3 186 083	270 996	134 437	3 258	14 297 054	10 348 384
4d1S	21 452 470	20 256 997	7 448 840	194 814	98 811	11 177	58	10 364 653	2 138 644
4d2S	22 991 107	22 292 636	9 546 157	86 626	8 747	1 997	45	10 334 711	2 314 353
4d3S	28 305 074	26 951 085	11 370 497	228 810	22 308	4 273	51	1 1781 178	3 543 968

样品	总序列数	可比对序列数	已知miRNA	核糖体RNA	转运RNA	小核RNA	核仁小RNA	预测的miRNA	其他
0d1S	23 391 065	22 110 199	10 395 700	226 440	11 044	5 200	192	7 713 150	3 758 473
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0d4S	43 043 000	37 383 425	11 144 873	1 350 419	700 427	73 097	1 863	15 783 426	8 329 320
2d1S	50 080 007	42 120 158	13 636 838	2 774 417	234 918	69 707	2 608	14 570 175	10 831 495
2d2S	50 654 066	47 975 467	18 669 641	481 624	25 436	8 486	757	18 372 931	10 416 592
2d3S	47 657 523	43 871 758	14 540 085	1 048 994	99 051	25 743	1 440	17 611 550	10 544 895
2d4S	50 975 604	44 122 066	15 972 237	1 715 913	210 269	35 364	1 481	16 655 866	9 530 936
3d1S	66 470 395	43 826 539	9 500 876	6 407 030	740 140	239 572	3 941	13 503 458	13 431 522
3d2S	20 608 639	19 483 131	6 727 405	245 837	36 239	8 184	107	10 550 127	1 915 232
3d3S	23 973 331	22 533 840	8 874 056	220 443	51 886	8 009	63	11 027 221	2 352 162
3d4S	50 300 729	39 833 242	11 593 030	3 186 083	270 996	134 437	3 258	14 297 054	10 348 384
4d1S	21 452 470	20 256 997	7 448 840	194 814	98 811	11 177	58	10 364 653	2 138 644
4d2S	22 991 107	22 292 636	9 546 157	86 626	8 747	1 997	45	10 334 711	2 314 353
4d3S	28 305 074	26 951 085	11 370 497	228 810	22 308	4 273	51	1 1781 178	3 543 968