青梗菜下胚轴颜色QTL定位

doi:10.16178/j.issn.0528-9017.20250358

摘要/Abstract

摘要：

下胚轴颜色在青梗菜(Brassica rapa ssp. chinensis)性状改良中具有重要意义。本研究旨在利用BSA-seq(bulked segregant analysis sequencing)技术对调控青梗菜下胚轴颜色相关基因进行初步定位。以青梗菜下胚轴绿色材料99-70F(11X)为母本,紫色材料99-70M(11Y)为父本,构建F₂群体进行表型分析,利用BSA-seq技术将目标基因初步定位在A09号染色体上,在该数量性状基因座(QTL)区间内进行竞争性等位基因特异性PCR(kompetitive allele-specific PCR, KASP)标记的开发。基因分型结果发现,A09:7 694 558、A09:8 145 013位点与F₂群体下胚轴颜色性状高度相关。本研究为青梗菜下胚轴颜色调控相关基因的精细定位与分子标记辅助选择育种奠定了基础。

关键词: 青梗菜, 下胚轴, F₂群体, QTL定位

Abstract:

Hypocotyl color is of great significance for the improvement of traits in Brassica rapa ssp. chinensis. The aim of this study was to use bulky segregant analysis sequencing (BSA-seq) technology to preliminarily locate genes related to the regulation of hypocotyl color in Brassica rapa ssp. chinensis. The F₂ population was constructed for phenotype analysis using the green hypocotyl germplasm 99-70F (11X) as the female parent and the purple hypocotyl germplasm 99-70M (11Y) as the male parent of Brassica rapa ssp. chinensis. BSA-seq technology was used to preliminarily locate the target gene on chromosome A09, and competitive allele specific PCR (KASP) markers were developed within the quantitative trait locus (QTL) interval. The genotyping results showed that the loci A09:7 694 558 and A09:8 145 013 were highly correlated with the hypocotyl color of the F₂ population. This study lay a good foundation for the fine mapping of genes related to the regulation of hypocotyl color and molecular marker-assisted selection breeding of Brassica rapa ssp. chinensis.

Key words: Brassica rapa ssp. chinensis, hypocotyl, F₂ population, QTL mapping

中图分类号:

S634.3

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图/表 6

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样品混池	净数据/ G	Q20含量/ %	Q30含量/ %	GC含量/ %	比对率/ %
11X	6.21	99.25	97.13	37.51	96.86
11Y	6.13	99.33	97.26	38.50	98.57
L11	10.62	99.41	97.49	38.81	95.81
Z11	12.31	99.40	97.52	38.96	95.33

样品混池	净数据/ G	Q20含量/ %	Q30含量/ %	GC含量/ %	比对率/ %
11X	6.21	99.25	97.13	37.51	96.86
11Y	6.13	99.33	97.26	38.50	98.57
L11	10.62	99.41	97.49	38.81	95.81
Z11	12.31	99.40	97.52	38.96	95.33

单株号	位点1	位点2	表型	单株号	位点1	位点2	表型
单株号	A09:7 694 558	A09:8 145 013	表型	单株号	A09:7 694 558	A09:8 145 013	表型
11X	Y:Y	X:X	绿色	11Y	X:X	Y:Y	紫色
11F₁	X:Y	X:Y	紫色	11F₂-21	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-1	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-22	X:X	Y:Y	紫色
11F₂-2	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-23	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-3	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-24	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-4	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-25	X:X	Y:Y	紫色
11F₂-5	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-26	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-6	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-27	X:X	Y:Y	紫色
11F₂-7	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-28	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-8	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-29	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-9	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-30	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-10	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-31	X:X	X:Y	紫色
11F₂-11	X:Y	X:Y	绿色	11F₂-32	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-12	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-33	X:X	Y:Y	紫色
11F₂-13	X:Y	X:Y	绿色	11F₂-34	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-14	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-35	X:X	Y:Y	紫色
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11F₂-19	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-40	X:Y	X:Y	紫色
11F₂-20	Y:Y	X:X	绿色

单株号	位点1	位点2	表型	单株号	位点1	位点2	表型
单株号	A09:7 694 558	A09:8 145 013	表型	单株号	A09:7 694 558	A09:8 145 013	表型
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11F₂-19	Y:Y	X:X	绿色	11F₂-40	X:Y	X:Y	紫色
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