蓝莓基因组SSR分子标记开发

doi:10.16178/j.issn.0528-9017.20220789

摘要/Abstract

摘要：

基于蓝莓(Vaccinium spp.)基因组DNA开发简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)分子标记25对,并采用17份蓝莓试材评价其多态性,结果表明,上述SSR位点的等位基因数量介于3~9个,平均等位基因数约为4.96个,信息指数平均值为1.055 2。此外,遗传多样性分析结果表明,17份蓝莓试材被分为4个组;其中,A组包含12份蓝莓试材,为最大分支;而C组和D组分别仅包含1份蓝莓试材,其遗传亲缘关系与其他试材相距较远。本研究开发的SSR引物能为蓝莓遗传多样性研究、新品种鉴定提供借鉴。

关键词: 蓝莓, 基因组, SSR, 分子标记

中图分类号:

S663.9

王利平, 沈颖, 陈荣锋, 焦云. 蓝莓基因组SSR分子标记开发[J]. 浙江农业科学, 2023, 64(6): 1503-1506.

图/表 3

参考文献 10

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编号	品种名称	遗传类型	果型大小	来源
1	余蓝2号	高丛	大果	中国,浙江
2	余蓝1号	高丛	大果	中国,浙江
3	酷派	高丛	中果	美国
4	玉兰	高丛	中果	美国
5	莱格西	高丛	大果	美国
6	艾文蓝	高丛	中果	美国
7	威尔	高丛	中小果	美国
8	斯巴坦	高丛	极大果	美国
9	追雪	高丛	中大果	美国
10	天后	高丛	大果	美国
11	红粉佳人	兔眼	中果	美国
12	奥尼尔	高丛	大果	美国
13	灿烂	兔眼	中大果	美国
14	海岸	高丛	中大果	美国
15	园蓝	兔眼	小果	美国
16	蓝莓-M	高丛	大果	中国,浙江
17	优瑞卡	高丛	极大果	新西兰

编号	品种名称	遗传类型	果型大小	来源
1	余蓝2号	高丛	大果	中国,浙江
2	余蓝1号	高丛	大果	中国,浙江
3	酷派	高丛	中果	美国
4	玉兰	高丛	中果	美国
5	莱格西	高丛	大果	美国
6	艾文蓝	高丛	中果	美国
7	威尔	高丛	中小果	美国
8	斯巴坦	高丛	极大果	美国
9	追雪	高丛	中大果	美国
10	天后	高丛	大果	美国
11	红粉佳人	兔眼	中果	美国
12	奥尼尔	高丛	大果	美国
13	灿烂	兔眼	中大果	美国
14	海岸	高丛	中大果	美国
15	园蓝	兔眼	小果	美国
16	蓝莓-M	高丛	大果	中国,浙江
17	优瑞卡	高丛	极大果	新西兰

引物名称	引物序列		扩增片段			Ne	I
引物名称	引物序列		片段范围		片段数量	Ne	I
J00 001.10	F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGCTAGTCATTGGGTGCGATTT		192~212		9	4.776 9	1.797 5
	R:CCTCCTTCCAACCTCCTATGA
J00 001.24	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTCCGCAATGTAGATGGGTTT		145~199		5	2.289 8	1.078 4
	R:CCGAGCCGTGCATTGTCAAAAT
J00 406.1	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTTGGGTTCGATGGGTTCACACA		202~254		5	2.623 5	1.142 3
	R:GGAGCCAGGGGTGCCAATTAT
J00 415.4	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTCGGCACCTGAGGAACAATAT		162~224		5	2.445 3	1.109 5
	R:TTGCATAGTCTGAGCTCATTAA
J00 417.6	F:TGTAAAACGACGGCCAGTACCACCCGTTTCTTAAGCAACT		198~251		4	2.124 6	0.923 4
	R:AGCTTGCAGTTACAGCCCTTGA
J00 424.5	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTGTCGTTATTGCCCGTAATC		187~215		3	1.119 2	0.253 1
	R:TCGGAGAGAGAGAGGGAAATTC
J01 171.4	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTTGGGACTTTGGGGCGTAATT		137~171		3	1.119 2	0.253 1
	R:AAGGCCCAACAACAAAAGGAAA
J01 208.3	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCCTTGCACGCTCAGGATGGG		189~221		4	1.333 3	0.534 9
	R:GCGCCAAGTGAACACCCTAGTT
J01 214.4	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTACCCCGGACGTCAGAAATT		174~240		5	1.338 8	0.588 0
	R:TCCGGCTATTGGATCACATGAA
J01 784.1	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGAAGAGCAAGACGACGATGAA		135~201		7	2.623 5	1.278 4
	R:TCAGAAGAACCACCAGCAGCAG
J04 815.1	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCAGCCGAGGAGACCAAGAAT		176~192		6	5.722 8	1.768 2
	R:ACACACACTCACTACACATACA
J00 149.13	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGCAGTCACACTAACCACTCTG		206~214		3	1.705 0	0.718 1
	R:GTTCGTTTGTCCTTGTCATTCT
J00 151.17	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCACCACATTTCGTCGCCATAG		134~143		5	2.680 6	1.254 6
	R:TGTTGCTGAATCCATGCGAAAG
J00 164.8	F:TGTAAAACGACGGCCAGTAAGGTTAGTGGCAGGGTCAAAA		151~156		5	2.036 2	0.999 5
	R:GGAGTGCCACAATGAGATTTCT
J00 177.9	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGCGGTACACACACACACACACA		131~163		7	2.547 3	1.319 7
	R:AGGGCTGGGGTACTTGATTTGA
J00 222.11	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTGACATGCGCAACGAAAATCC		191~214		4	2.847 3	1.179 1
	R:TTGCCATGGACGGTCGGAGA
J00 546.2	F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGCCCTGTTAGTGATGGTTTCG	153~166		3		2.196 6	0.862 6
	R:GGCCTGCCCAACTAGATAGAT
J00 554.4	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTAGCAAGTGGAGTGGTAGCCA	175~183		4		2.481 0	1.057 5
	R:GCCCACCCCTTGTAGCATGGTA
J00 564.5	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGCGAAAACCCATCCTGCAATA	115~155		3		2.110 7	0.800 4
	R:GAATTCTGCACGTCCCAAATTA
J00 018.42	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGGCCTTCTTCCTCTCGATTC	201~214		4		2.356 4	0.974 8
	R:GCACGTCACCTCAACTCCTATT
J00 051.4	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTGGTTGGTGGGGTTGCTTCC	141~197		5		3.161 0	1.318 0
	R:AGGGGTGTCAGGGCCAGTTTAC
J00 497.8	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGCCTCCATACCTTGCTGAAA	177~231		5		2.675 9	1.177 9
	R:TCGGATGGGTGGTGAGTGAATT
J00 757.2	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCCCCGAGCTCAATCTGTACAT	137~152		5		2.339 4	1.123 6
	R:AGGCTTTCAAACACTCCCTAAA
J01 512.7	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGCCGCCCCTCTCACTCTTC	177~231		6		2.404 9	1.206 9
	R:AGCGTTGCAGTGATGTGGAGAA
J04 514.1	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGCTCCCCTACGGCTCAGAAA	130~160		9		3.612 5	1.660 8
	R:TGGCTCGAAGTCCAACGCTTCT
平均				4.96		2.506 9	1.055 2
总计				124

引物名称	引物序列		扩增片段			Ne	I
引物名称	引物序列		片段范围		片段数量	Ne	I
J00 001.10	F:TGTAAAACGACGGCCAGTAGCTAGTCATTGGGTGCGATTT		192~212		9	4.776 9	1.797 5
	R:CCTCCTTCCAACCTCCTATGA
J00 001.24	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTCCGCAATGTAGATGGGTTT		145~199		5	2.289 8	1.078 4
	R:CCGAGCCGTGCATTGTCAAAAT
J00 406.1	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTTGGGTTCGATGGGTTCACACA		202~254		5	2.623 5	1.142 3
	R:GGAGCCAGGGGTGCCAATTAT
J00 415.4	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTCGGCACCTGAGGAACAATAT		162~224		5	2.445 3	1.109 5
	R:TTGCATAGTCTGAGCTCATTAA
J00 417.6	F:TGTAAAACGACGGCCAGTACCACCCGTTTCTTAAGCAACT		198~251		4	2.124 6	0.923 4
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J00 424.5	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGTGTCGTTATTGCCCGTAATC		187~215		3	1.119 2	0.253 1
	R:TCGGAGAGAGAGAGGGAAATTC
J01 171.4	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCTTGGGACTTTGGGGCGTAATT		137~171		3	1.119 2	0.253 1
	R:AAGGCCCAACAACAAAAGGAAA
J01 208.3	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCCTTGCACGCTCAGGATGGG		189~221		4	1.333 3	0.534 9
	R:GCGCCAAGTGAACACCCTAGTT
J01 214.4	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCTACCCCGGACGTCAGAAATT		174~240		5	1.338 8	0.588 0
	R:TCCGGCTATTGGATCACATGAA
J01 784.1	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTGAAGAGCAAGACGACGATGAA		135~201		7	2.623 5	1.278 4
	R:TCAGAAGAACCACCAGCAGCAG
J04 815.1	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCCAGCCGAGGAGACCAAGAAT		176~192		6	5.722 8	1.768 2
	R:ACACACACTCACTACACATACA
J00 149.13	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGCAGTCACACTAACCACTCTG		206~214		3	1.705 0	0.718 1
	R:GTTCGTTTGTCCTTGTCATTCT
J00 151.17	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCACCACATTTCGTCGCCATAG		134~143		5	2.680 6	1.254 6
	R:TGTTGCTGAATCCATGCGAAAG
J00 164.8	F:TGTAAAACGACGGCCAGTAAGGTTAGTGGCAGGGTCAAAA		151~156		5	2.036 2	0.999 5
	R:GGAGTGCCACAATGAGATTTCT
J00 177.9	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGCGGTACACACACACACACACA		131~163		7	2.547 3	1.319 7
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J00 564.5	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGCGAAAACCCATCCTGCAATA	115~155		3		2.110 7	0.800 4
	R:GAATTCTGCACGTCCCAAATTA
J00 018.42	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGGCCTTCTTCCTCTCGATTC	201~214		4		2.356 4	0.974 8
	R:GCACGTCACCTCAACTCCTATT
J00 051.4	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGTTGGTTGGTGGGGTTGCTTCC	141~197		5		3.161 0	1.318 0
	R:AGGGGTGTCAGGGCCAGTTTAC
J00 497.8	F:TGTAAAACGACGGCCAGTGGGCCTCCATACCTTGCTGAAA	177~231		5		2.675 9	1.177 9
	R:TCGGATGGGTGGTGAGTGAATT
J00 757.2	F:TGTAAAACGACGGCCAGTTCCCCGAGCTCAATCTGTACAT	137~152		5		2.339 4	1.123 6
	R:AGGCTTTCAAACACTCCCTAAA
J01 512.7	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGCCGCCCCTCTCACTCTTC	177~231		6		2.404 9	1.206 9
	R:AGCGTTGCAGTGATGTGGAGAA
J04 514.1	F:TGTAAAACGACGGCCAGTCGCTCCCCTACGGCTCAGAAA	130~160		9		3.612 5	1.660 8
	R:TGGCTCGAAGTCCAACGCTTCT
平均				4.96		2.506 9	1.055 2
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蓝莓基因组SSR分子标记开发

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