蓝莓bZIP转录因子基因预测及其在根中表达分析

doi:10.16178/j.issn.0528-9017.20211023

摘要/Abstract

摘要：

利用生物信息学方法对蓝莓bZIP转录因子基因家族进行鉴定分析,分析基因家族的基本结构、保守域以及与拟南芥bZIP基因家族之间的同源进化关系。共鉴定到131个蓝莓bZIP转录因子基因,调取blastp和HMMER检索到的序列ID,根据ID人工去冗余,后进行CDD(conserve domain database)分析,保留特征结构域筛选得到31条基因序列。根据拟南芥的分类标准将其分为9个亚族,分别是A、B、C、D、E、G、I、K、S组,每组所含有的成员数目不等。根据R和RStudio软件进行热图制作,显示不同基因在蓝莓不同组织或是不同pH条件下表达模式有差异,分析热图明确B组、C组、D组、E组bZIP转录因子家族基因成员在蓝莓根系受土壤pH胁迫下起重要抗逆调控作用。

关键词: 蓝莓, bZIP转录因子基因, 表达模式, 抗逆过程

中图分类号:

S663.9

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图/表 6

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基因编号	ID名	氨基酸数	相对分子质量	等电点	脂肪指数	亲水性的平均值
VcbZIP1	VcbZIP10-164.19	721	77 379.82	6.02	68.65	-0.496
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VcbZIP5	VcbZIP11-76.34	197	22 325.03	8.71	74.37	-0.706
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VcbZIP9	VcbZIP12-201.18	336	38 306.67	9.39	74.85	-0.397
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VcbZIP14	VcbZIP2-128.34	427	47 276.14	6.31	59.46	-0.936
VcbZIP15	VcbZIP2-311.30	395	不确定	无法计算	62.30	-0.846
VcbZIP16	VcbZIP2-371.35	335	36 532.38	5.58	71.85	-0.664
VcbZIP17	VcbZIP2-411.30	416	46 105.62	9.45	64.25	-0.665
VcbZIP18	VcbZIP2-53.18	359	38 666.68	6.77	52.48	-0.853
VcbZIP19	VcbZIP2-364.40	751	83 734.72	5.92	88.64	-0.423
VcbZIP20	VcbZIP3-100.27	352	39 437.61	6.60	59.97	-0.941
VcbZIP21	VcbZIP3-285.16	427	47 244.08	6.31	60.14	-0.931
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VcbZIP24	VcbZIP3-43.32	763	85 393.93	5.75	90.83	-0.359
VcbZIP25	VcbZIP5-248.29	780	84 339.90	7.70	69.08	-0.500
VcbZIP26	VcbZIP6-147.30	310	34 537.44	6.22	68.68	-0.811
VcbZIP27	VcbZIP6-323.25	362	40 646.34	6.81	85.75	-0.337
VcbZIP28	VcbZIP7-156.20	344	37 389.02	5.19	66.08	-0.599
VcbZIP29	VcbZIP7-93.14	375	42 446.19	7.06	87.39	-0.402
VcbZIP30	VcbZIP7-24.27	416	44 341.52	9.70	64.01	-0.605
VcbZIP31	VcbZIP8-169.11	567	61 784.59	6.88	80.37	-0.306

基因编号	ID名	氨基酸数	相对分子质量	等电点	脂肪指数	亲水性的平均值
VcbZIP1	VcbZIP10-164.19	721	77 379.82	6.02	68.65	-0.496
VcbZIP2	VcbZIP11-282.21	354	39 219.63	5.30	60.88	-0.745
VcbZIP3	VcbZIP11-321.43	300	33 778.08	9.07	68.87	-0.637
VcbZIP4	VcbZIP11-282.27	508	56 850.94	6.73	72.46	-0.596
VcbZIP5	VcbZIP11-76.34	197	22 325.03	8.71	74.37	-0.706
VcbZIP6	VcbZIP12-299.31	388	41 569.14	6.28	64.48	-0.720
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VcbZIP16	VcbZIP2-371.35	335	36 532.38	5.58	71.85	-0.664
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VcbZIP31	VcbZIP8-169.11	567	61 784.59	6.88	80.37	-0.306

组别	组内蓝莓bZIP转录因子家族成员
A组(9个)	VcbZIP9、VcbZIP11、VcbZIP8、VcbZIP16、VcbZIP22、VcbZIP2、VcbZIP17、VcbZIP7、VcbZIP30
B组(3个)	VcbZIP1、VcbZIP25、VcbZIP12
C组(1个)	VcbZIP28
D组(6个)	VcbZIP27、VcbZIP29、VcbZIP4、VcbZIP31、VcbZIP13、VcbZIP5
E组(3个)	VcbZIP26、VcbZIP19、VcbZIP24
G组(3个)	VcbZIP6、VcbZIP18、VcbZIP23
I组(4个)	VcbZIP15、VcbZIP20、VcbZIP14、VcbZIP21
K组(1个)	VcbZIP3
S组(1个)	VcbZIP10

组别	组内蓝莓bZIP转录因子家族成员
A组(9个)	VcbZIP9、VcbZIP11、VcbZIP8、VcbZIP16、VcbZIP22、VcbZIP2、VcbZIP17、VcbZIP7、VcbZIP30
B组(3个)	VcbZIP1、VcbZIP25、VcbZIP12
C组(1个)	VcbZIP28
D组(6个)	VcbZIP27、VcbZIP29、VcbZIP4、VcbZIP31、VcbZIP13、VcbZIP5
E组(3个)	VcbZIP26、VcbZIP19、VcbZIP24
G组(3个)	VcbZIP6、VcbZIP18、VcbZIP23
I组(4个)	VcbZIP15、VcbZIP20、VcbZIP14、VcbZIP21
K组(1个)	VcbZIP3
S组(1个)	VcbZIP10

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