Rhizosphere microbial community characteristics of perennial Hangbaishao in the genuine producing area

doi:10.16178/j.issn.0528-9017.20250201

Abstract

Abstract:

To investigate the changes in the composition and structure of soil bacteria，fungi，and archaea under different planting durations in the genuine producing area of Hangbaishao，and to screen for beneficial microbial strains in the rhizosphere of Hangbaishao in this area，rhizosphere soil samples of Hangbaishao aged 1，2，3，and 4 years were collected from Dongyang City，Zhejiang Province. Microbial community structure analysis was conducted to elucidate the microbial composition characteristics and succession patterns in the rhizosphere soil during Hangbaishao colonization. Functional predictions of the microbial communities were performed using the EggNOG，KEGG，and CAZy databases. The results showed that the microbial composition of Hangbaishao soil was dominated by bacteria（85.561%-91.680%），archaea（0.481%-2.804%），fungi（0.018%-0.030%），and viruses（0.022%-0.117%），with other microorganisms accounting for 7.516%-11.500%. As planting duration increased，some inferior microbial groups gradually disappeared，and microbial diversity decreased. The relative abundance of bacteria increased from 85.561% in the 1-year-old rhizosphere soil to 91.680% in the 4-year-old soil. The relative abundances of archaea and viruses declined from 2.804% and 0.117%（1-year-old）to 0.481% and 0.022%（4-year-old），respectively. The relative abundance of fungi first increased and then decreased，from 0.018%（1-year-old）to a peak of 0.030%（3-year-old），and then dropped to 0.024%（4-year-old）. Furthermore，CandidatusRokubacteria and Nitrospira were identified as signature taxa in the rhizosphere soil in the genuine producing area. These results indicate that with increasing planting duration in the genuine producing area of Hangbaishao，microbial diversity decreases，while characteristic taxa such as CandidatusRokubacteria and Nitrospira are recruited and enriched.

Key words: Hangbaishao, metagenomics, rhizosphere soil, microorganism, genuine medicinal material

CLC Number:

S567

JIN Yi, LI Haishen, SUN Jian, ZHOU Chaobin, JIANG Ling, HU Chunli, ZHAN Jianyong, WANG Zhi'an. Rhizosphere microbial community characteristics of perennial Hangbaishao in the genuine producing area[J]. Journal of Zhejiang Agricultural Sciences, 2026, 67(7): 1801-1811.

Figures/Tables 13

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样品编号	原始数据		有效数据		有效数据/原始数据	Q20/%	Q30/%	GC含量/%
样品编号	读数	数据量/G	读数	数据量/G	有效数据/原始数据	Q20/%	Q30/%	GC含量/%
Pl4a	38 116 236	5.72	35 509 022	5.33	93.16	99.95	98.85	62
Pl4b	40 298 338	6.04	37 525 280	5.63	93.12	99.95	98.80	63
Pl4c	42 035 640	6.31	39 309 542	5.90	93.51	99.95	98.62	62
Pl3a	40 461 374	6.07	37 786 262	5.67	93.39	99.95	98.61	61
Pl3b	45 380 916	6.81	40 256 428	6.04	88.71	99.94	98.65	61
Pl3c	44 436 232	6.67	39 301 706	5.90	88.45	99.94	98.74	61
Pl2a	39 857 210	5.98	36 859 084	5.53	92.48	99.96	98.80	62
Pl2b	37 415 908	5.61	34 835 092	5.23	93.10	99.96	98.74	62
Pl2c	47 934 934	7.19	43 138 274	6.47	89.99	99.94	98.60	61
Pl1a	38 461 692	5.77	36 192 852	5.43	94.10	99.95	98.70	63
Pl1b	45 242 338	6.79	41 625 446	6.24	92.01	99.94	98.69	63
Pl1c	49 031 322	7.35	48 676 270	7.30	99.28	99.93	98.48	63

样品编号	原始数据		有效数据		有效数据/原始数据	Q20/%	Q30/%	GC含量/%
样品编号	读数	数据量/G	读数	数据量/G	有效数据/原始数据	Q20/%	Q30/%	GC含量/%
Pl4a	38 116 236	5.72	35 509 022	5.33	93.16	99.95	98.85	62
Pl4b	40 298 338	6.04	37 525 280	5.63	93.12	99.95	98.80	63
Pl4c	42 035 640	6.31	39 309 542	5.90	93.51	99.95	98.62	62
Pl3a	40 461 374	6.07	37 786 262	5.67	93.39	99.95	98.61	61
Pl3b	45 380 916	6.81	40 256 428	6.04	88.71	99.94	98.65	61
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Pl1a	38 461 692	5.77	36 192 852	5.43	94.10	99.95	98.70	63
Pl1b	45 242 338	6.79	41 625 446	6.24	92.01	99.94	98.69	63
Pl1c	49 031 322	7.35	48 676 270	7.30	99.28	99.93	98.48	63

分类	样品编号	实际观测物种数	香农指数	辛普森指数	Chao1 指数	测序覆盖率/%
细菌	Pl1	20 076.00	7.25	0.94	20 753.36	100
	Pl2	19 230.33	7.33	0.95	19 866.40	100
	Pl3	20 177.67	7.00	0.93	20 766.55	100
	Pl4	19 160.67	6.57	0.93	19 774.71	100
真菌	Pl1	143.67	6.14	0.97	157.93	98
	Pl2	111.67	5.54	0.96	123.12	98
	Pl3	130.67	5.51	0.93	152.75	98
	Pl4	120.33	5.50	0.95	132.29	98
古菌	Pl1	424.33	4.08	0.89	558.31	99
	Pl2	351.33	3.97	0.87	439.20	100
	Pl3	394.00	4.11	0.86	461.11	100
	Pl4	434.67	5.02	0.90	485.88	100

分类	样品编号	实际观测物种数	香农指数	辛普森指数	Chao1 指数	测序覆盖率/%
细菌	Pl1	20 076.00	7.25	0.94	20 753.36	100
	Pl2	19 230.33	7.33	0.95	19 866.40	100
	Pl3	20 177.67	7.00	0.93	20 766.55	100
	Pl4	19 160.67	6.57	0.93	19 774.71	100
真菌	Pl1	143.67	6.14	0.97	157.93	98
	Pl2	111.67	5.54	0.96	123.12	98
	Pl3	130.67	5.51	0.93	152.75	98
	Pl4	120.33	5.50	0.95	132.29	98
古菌	Pl1	424.33	4.08	0.89	558.31	99
	Pl2	351.33	3.97	0.87	439.20	100
	Pl3	394.00	4.11	0.86	461.11	100
	Pl4	434.67	5.02	0.90	485.88	100

微生物	R	p
细菌	0.870	0.001
真菌	0.901	0.001
古菌	0.895	0.001