铁皮石斛转录组微卫星序列统计分析

doi:10.16178/j.issn.0528-9017.20201115

摘要/Abstract

摘要：

为揭示铁皮石斛全基因组SSRs序列分布规律,采用微卫星序列搜索和统计软件MSDB v2.4对铁皮石斛全基因组中完整型微卫星序列及其特征进行生物信息学分析。结果表明:铁皮石斛微卫星序列总数量为215 661个位点,微卫星序列长度为4.07 Mb,占全基因组总长度的比率为0.44%,其总丰度为213.84 个·Mb^-1,总密度为4 031.927 bp·Mb^-1。铁皮石斛全基因组SSRs各重复类型中,单核苷酸SSRs序列出现频率最高(47.49%),其次是二核苷酸SSRs序列>三核苷酸SSRs序列>四核苷酸SSRs序列>五核苷酸SSRs序列>六核苷酸SSRs序列,微卫星重复类型中,富含A和T,而富含G和C碱基的微卫星出现频率较少。研究结果可为后续铁皮石斛遗传多样性的研究及SSR引物筛选提供依据。

关键词: 铁皮石斛, 基因组, 微卫星, 生物信息学

中图分类号:

S567

石汝杰, 张元媛, 蒋雪梅, 戚文华. 铁皮石斛转录组微卫星序列统计分析[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(11): 2241-2244.

图/表 4

参考文献 20

[1]	吴韵琴, 斯金平. 铁皮石斛产业现状及可持续发展的探讨[J]. 中国中药杂志, 2010,35(15):2033-2037.
[2]	斯金平, 王琦, 刘仲健, 等. 铁皮石斛产业化关键科学与技术的突破[J]. 中国中药杂志, 2017,42(12):2223-2227.
[3]	邹喻苹, 葛颂, 王晓东. 系统与进化植物学中的分子标记: 生命科学专论[M]. 北京: 科学出版社, 2001.
[4]	陈世军, 张明泽, 姚玉仙, 等. 基于SSR标记的黔南茶树种质资源DNA指纹图谱构建[J]. 植物遗传资源学报, 2017,18(1):106-111.
[5]	李隆云, 陈大霞, 钟国跃, 等. 不同产地仙茅遗传多样性的ISSR分析[J]. 中草药, 2012,43(5):967-971.
[6]	石晓蒙, 温强, 曹牧, 等. 基于近缘种微卫星引物的栓皮栎SSR标记开发及群体检测[J]. 分子植物育种, 2017,15(2):633-639.
[7]	张照远, 黄妹平, 徐建民, 等. 基于SSR标记的桉树枝瘿姬小蜂的关联分析[J]. 基因组学与应用生物学, 2017,36(4):1660-1666.
[8]	ZHANG G Q, XU Q, BIAN C, et al. The Dendrobium catenatum Lindl. genome sequence provides insights into polysaccharide synthase, floral development and adaptive evolution[J]. Scientific Reports, 2016,6:19029. DOI URL PMID
[9]	盛文涛, 柴学文, 邹家华, 等. 芦笋叶绿体基因组序列微卫星分布规律研究[J]. 园艺与种苗, 2017,37(4):39-41.
[10]	蒋雪梅, 胡廷章, 向兴胜, 等. 杨树全基因组微卫星序列的统计及其生物信息学分析[J]. 西南农业学报, 2015,28(2):527-533.
[11]	史洁, 尹佟明, 管宏伟, 等. 油茶基因组微卫星特征分析[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2012,36(2):47-51.
[12]	郑燕, 张耿, 吴为人. 禾本科植物微卫星序列的特征分析和比较[J]. 基因组学与应用生物学, 2011,30(5):513-520.
[13]	李清, 李标, 郭顺星. 金钗石斛转录组SSR位点信息分析[J]. 中国中药杂志, 2017,42(1):63-69.
[14]	MURPHY T D, KARPEN G H. Localization of centromere function in a Drosophila minichromosome[J]. Cell, 1995,82(4):599-609. DOI URL PMID
[15]	MARTINS C, OLIVEIRA C, WASKO A P, et al. Physical mapping of the Nile Tilapia (Oreochromis niloticus) genome by fluorescent in situ hybridization of repetitive DNAs to metaphase chromosomes: a review[J]. Aquaculture, 2004,231(1/2/3/4):37-49.
[16]	ARESHCHENKOVA T, GANAL M W. Long tomato microsatellites are predominantly associated with centromeric regions[J]. Genome, 1999,42(3):536-544. URL PMID
[17]	BRANDES A, THOMPSON H, DEAN C, et al. Multiple repetitive DNA sequences in the paracentromeric regions of Arabidopsis thaliana L[J]. Chromosome Research, 1997,5(4):238-246. DOI URL PMID
[18]	SCHMIDT T HESLOP-HARRISON J S. The physical and genomic organization of microsatellites in sugar beet[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 1996,93(16):8761-8765. URL PMID
[19]	柳莹, 唐永政, 高丽. 微卫星DNA进化特征研究进展[J]. 基因组学与应用生物学, 2014,33(6):1391-1400.
[20]	李翠婷, 张广辉, 马春花, 等. 野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究[J]. 中草药, 2014,45(10):1468-1472.

碱基	数量	频率/ (个·Mb^-1)	密度/ (bp·Mb^-1)	总长度/ bp	平均长度/bp
单碱基	10 2412	101.55	1 528.334	1 424 865	13.91
二碱基	74 066	73.44	1 698.407	1 583 424	21.38
三碱基	28 822	28.58	612.680	571 201	19.82
四碱基	7 571	7.51	130.713	121 863	16.10
五碱基	1 999	1.98	41.560	38 746	19.38
六碱基	791	0.78	20.233	18 863	23.85

碱基	数量	频率/ (个·Mb^-1)	密度/ (bp·Mb^-1)	总长度/ bp	平均长度/bp
单碱基	10 2412	101.55	1 528.334	1 424 865	13.91
二碱基	74 066	73.44	1 698.407	1 583 424	21.38
三碱基	28 822	28.58	612.680	571 201	19.82
四碱基	7 571	7.51	130.713	121 863	16.10
五碱基	1 999	1.98	41.560	38 746	19.38
六碱基	791	0.78	20.233	18 863	23.85

重复拷贝类别	数量	频率/ (个·Mb^-1)	密度/ (bp·Mb^-1)
A	8 9499	88.74	1 314.44
C	1 2913	12.8	213.89
AG	3 8352	38.03	919.64
AT	2 8175	27.94	609.73
AC	7481	7.42	168.12
CG	58	0.06	0.92
AGC	173	0.19	2.88
ACG	184	0.20	3.03
CCG	277	0.30	4.62
ACT	892	0.96	15.74
AGT	901	0.97	15.34
ACC	1 089	1.17	17.3
AGG	1 118	1.20	18.53
AAG	4 171	4.47	77.6
AAC	9 096	9.76	161.91
AAT	10 921	11.71	295.72

重复拷贝类别	数量	频率/ (个·Mb^-1)	密度/ (bp·Mb^-1)
A	8 9499	88.74	1 314.44
C	1 2913	12.8	213.89
AG	3 8352	38.03	919.64
AT	2 8175	27.94	609.73
AC	7481	7.42	168.12
CG	58	0.06	0.92
AGC	173	0.19	2.88
ACG	184	0.20	3.03
CCG	277	0.30	4.62
ACT	892	0.96	15.74
AGT	901	0.97	15.34
ACC	1 089	1.17	17.3
AGG	1 118	1.20	18.53
AAG	4 171	4.47	77.6
AAC	9 096	9.76	161.91
AAT	10 921	11.71	295.72

重复拷贝类别	数量	频率/ (个·Mb^-1)	密度/ (bp·Mb^-1)
AAAT	4419	4.74	76.05
AATT	846	0.91	14.4
AAAG	339	0.36	5.78
ACAT	302	0.32	5.6
AGGG	272	0.29	4.85
AGAT	234	0.25	4.65
AAAC	230	0.25	3.9
AACT	118	0.13	1.96
AATC	114	0.12	1.96
ACTC	92	0.10	1.58
CCGG	92	0.10	1.48
AAGT	84	0.09	1.39
AATG	81	0.09	1.31
ACGT	71	0.08	1.16
AAGG	42	0.05	0.69
AACC	36	0.04	0.59

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重复拷贝类别	数量	频率/(个·Mb^-1)	密度/(bp·Mb^-1)	重复拷贝类别	数量	频率/(个·Mb^-1)	密度/(bp·Mb^-1)
AAATA	824	0.88	17.09	AATAAA	78	0.08	1.91
AAATT	142	0.15	2.94	AGAGGG	50	0.05	1.31
AAAGA	116	0.12	2.4	AAGAAA	36	0.04	0.88
AAACA	89	0.10	1.85	ATTATA	33	0.04	0.83
AGCTC	92	0.10	1.85	AGAAGG	19	0.02	0.46
AATAT	81	0.09	1.83	AAACAA	18	0.02	0.44
AGTAT	72	0.08	1.6	AGAGGA	17	0.02	0.43
AAGAG	71	0.08	1.45	CCACCT	16	0.02	0.41
AGCTG	50	0.05	1	AACCCT	14	0.02	0.34
AGCCC	47	0.05	0.94	AAATAT	13	0.01	0.33

[1]	臧宏军. 不同品种和采收时间铁皮石斛有效成分含量变化[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(8): 1539-1541.
[2]	叶雄方. 茶皂素对铁皮石斛蜗牛虫害的防效[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(8): 1544-1545.
[3]	胡卫珍, 齐振宇, 陈晓芳, 张娴. 凝胶渗透色谱联用多角度激光光散射测定铁皮石斛多糖分子量及其分布[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(6): 1166-1167.
[4]	何金宇, 刘玉洋, 徐靖, 王晓彤, 陈晓俊, 王慧中, 卢江杰. 灵芝全基因组SSR标记开发及其种质资源遗传多样性评估[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(5): 967-973.
[5]	胡卫珍, 孔德栋, 袁钰, 冯晓晓. 不同种源铁皮石斛主要农艺性状与多糖的相关性[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(5): 974-975.
[6]	王金旺, 金轶伟, 周芬芬, 李建清, 蒋经纬. 不同栽培模式下铁皮石斛品质差异比较[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(5): 978-980.
[7]	缪晓丹, 徐丽红, 宋仙水, 宋敏全, 吕捷. 不同加工方式对铁皮石斛品质的影响[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(4): 704-707.
[8]	庞敏霞, 戚勇, 陈丁江, 姚国祥. 铁皮石斛品质性状影响因子的研究进展[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(3): 502-508.
[9]	于国光, 孙彩霞, 赵学平, 郑蔚然, 刘玉红, 任霞霞. 铁皮石斛黑斑病防治药剂的筛选[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(11): 2298-2299.
[10]	柳采秀, 聂东兴, 苍涛, 宋雯, 张怡, 徐笔奇, 于国光. 4种杀虫剂对铁皮石斛斜纹夜蛾的防治效果[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(11): 2308-2309.
[11]	焦云, 邬玉芬, 舒巧云. 榧树基因组SSR分子标记开发[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(11): 2336-2337.
[12]	慎佩晶, 张宇飞, 李喜莲, 徐洋, 程海华, 陈雪峰. 5个罗氏沼虾群体微卫星遗传多样性分析[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(11): 2377-2381.
[13]	毛俐慧, 金亮, 丁华侨, 董青, 胡伟, 田丹青. 姜荷花清迈粉基因组大小测定[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(10): 2066-2067.
[14]	刘凯, 谢楠, 冯晓宇, 马恒甲. 基于磁珠富集法开发的15个三角鲂多态性微卫星标记的特性分析[J]. 浙江农业科学, 2020, 61(1): 144-146.
[15]	朱彦明, 金锦游, 崔永一. 内生真菌对铁皮石斛种苗生长的影响[J]. 浙江农业科学, 2019, 60(9): 1601-1605.