浙江农业科学

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杨梅全基因组测序结果初报

  

  1. (浙江省农业科学院 园艺研究所,浙江 杭州310021)
  • 出版日期:2015-10-11

  • Online:2015-10-11

摘要: 杨梅(Myrica rubra Sieb. et Zucc.)是我国南方著名的特产珍果,为促进杨梅分子育种及功能基因研究,对杨梅进行了全基因组测序。采用Illumina Hiseq 2500双端测序策略,构建了200 bp文库,进行双端125 bp(PE 125)测序,得到约13.70 Gb的原始数据。数据评估得知杨梅基因组大小约为304.38 Mb,重复序列含量约为45.82%,杂合率约为0.58%,基因组的GC含量约37.99%。利用SOAPdenovo软件进行了拼接组装。这一结果有助于开展杨梅后续的分子育种及基因功能研究。

关键词: 杨梅, 全基因组测序, 基因组特征评估